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本研究以新疆维吾尔自治区地方国营乌鲁木齐种牛场、塔城种牛场、伊犁新褐种牛场和新疆天山畜牧生物工程股份有限公司1983～2017年育种资料为基础，整理表型记录后以305d产奶量、乳脂率和乳蛋白率为产奶性状；初生重、6月龄重、12月龄重和18月龄重为生长性状；初产日龄、产犊间隔、体细胞评分和生产寿命为功能性状。采用SAS8.1软件确定对各性状有显著性影响的固定效应，并将固定效应放入动物模型中，利用DMU软件的DMUAI模块采用AI-REML结合EM算法配合动物模型估计各性状遗传参数和育种值，同时用差额法计算了各性状边际效益，最终应用选择指数原理结合各性状边际效益和遗传标准差制定了新疆褐牛总性能指数，主要结果如下：
(1)遗传参数估计结果表明：6月龄重遗传力为0.46，属于高遗传力；305d产奶量、乳蛋白率、初生重、周岁重、18月龄重和体细胞评分遗传力分别为0.35、0.33、0.30、0.29、0.31和0.20，属于中等遗传力；乳脂率、初产日龄、产犊间隔和生产寿命遗传力分别为0.07、0.17、0.05、和0.09，属于低遗传力。
(2)新疆褐牛育种目标性状边际效益结果为：305d产奶量3.10元，乳脂率55元，乳蛋白率270元，6月龄重17.93元，周岁重18.83元，18月龄重19.72元，初产日龄-16.42元，产犊间隔-17.67元，体细胞评分-289.91元，生产寿命3.16元。产奶性状、生长性状和功能性状相对重要性的比例为44∶20∶36，近似于2∶1∶2。
(3)新疆褐牛总性能指数中，305d产奶量、乳脂率、乳蛋白率、12月龄重、产犊间隔和体细胞评分的权重分别为38、1、7、33、13和8。总性能指数公式为：TPIXH=38×EBMYD/672.24+EBFP/0.14+7×EBPP/0.14+33×ebw12/18.70-13×EBCI/17.67-8×EBSCS/0.73
(4)根据新疆褐牛总性能指数(TPIXH)对1983～2017年使用褐牛公牛和在群母牛进行排队，并选留了TPIXH值大于10的86头母牛作为核心群。
本研究全面估计了新疆褐牛产奶性状、生长性状和功能性状的遗传参数，结合各育种目标性状构建了新疆褐牛总性能指数，为新疆褐牛选种选育提供科学依据。
(1)遗传参数估计结果表明：6月龄重遗传力为0.46，属于高遗传力；305d产奶量、乳蛋白率、初生重、周岁重、18月龄重和体细胞评分遗传力分别为0.35、0.33、0.30、0.29、0.31和0.20，属于中等遗传力；乳脂率、初产日龄、产犊间隔和生产寿命遗传力分别为0.07、0.17、0.05、和0.09，属于低遗传力。
(2)新疆褐牛育种目标性状边际效益结果为：305d产奶量3.10元，乳脂率55元，乳蛋白率270元，6月龄重17.93元，周岁重18.83元，18月龄重19.72元，初产日龄-16.42元，产犊间隔-17.67元，体细胞评分-289.91元，生产寿命3.16元。产奶性状、生长性状和功能性状相对重要性的比例为44∶20∶36，近似于2∶1∶2。
(3)新疆褐牛总性能指数中，305d产奶量、乳脂率、乳蛋白率、12月龄重、产犊间隔和体细胞评分的权重分别为38、1、7、33、13和8。总性能指数公式为：TPIXH=38×EBMYD/672.24+EBFP/0.14+7×EBPP/0.14+33×ebw12/18.70-13×EBCI/17.67-8×EBSCS/0.73
(4)根据新疆褐牛总性能指数(TPIXH)对1983～2017年使用褐牛公牛和在群母牛进行排队，并选留了TPIXH值大于10的86头母牛作为核心群。
本研究全面估计了新疆褐牛产奶性状、生长性状和功能性状的遗传参数，结合各育种目标性状构建了新疆褐牛总性能指数，为新疆褐牛选种选育提供科学依据。