【摘 要】
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肺癌是全世界最常见的恶性肿瘤,尤其发生转移时,预后不佳。为了更好地理解其发生发展的过程以及分子机制,我们的研究目标是寻找肺癌骨转移相关的核心基因。首先,我们从GEO数据库中下载了GSE76194数据集,比较了4对高骨转移肺癌细胞系及其亲代细胞低转移细胞系之间的表达谱,利用R软件中的Limma软件包进行差异表达基因分析,获得1132差异基因,并以此为基础,构建了差异蛋白质-蛋白质相互作用网络。接着,
【基金项目】
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国家自然科学基金，项目编号:81802894;81702846 上海市科学技术委员会基金，项目编号:18140903700；
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肺癌是全世界最常见的恶性肿瘤,尤其发生转移时,预后不佳。为了更好地理解其发生发展的过程以及分子机制,我们的研究目标是寻找肺癌骨转移相关的核心基因。首先,我们从GEO数据库中下载了GSE76194数据集,比较了4对高骨转移肺癌细胞系及其亲代细胞低转移细胞系之间的表达谱,利用R软件中的Limma软件包进行差异表达基因分析,获得1132差异基因,并以此为基础,构建了差异蛋白质-蛋白质相互作用网络。接着,我们利用Cytoscape中的两种网络聚类算法即MCODE模块聚类分析和拓扑中心元分析对蛋白互作网络进行分析,并综合两者结果后获得生物学上紧密连接的具有统计学意义的44个核心基因。通过文献的审阅,我们发现TBX2和其他10个基因在骨转移中有研究。接着,利用GSE10799、GSE29367、GSE5123三个数据集以及Oncomine数据库中的肺癌数据集作为转移相关的验证数据集,我们发现TBX2在骨转移以及复发组中表达显著升高,在多个肺癌数据集中高表达,且高表达与不良预后呈正相关。我们最终决定进一步研究TBX2在肺癌中的功能。首先,我们利用本实验室的临床标本,进一步明确了TBX2在肺癌组织中的高表达,且与临床的TNM分期呈正相关。为了进一步探索TBX2在肺癌中的生物学功能,我们对A549和NCI-H1299两个肺癌细胞中的TBX2进行了内源性的敲减,构建了si RNA-TBX2肺癌细胞。我们发现TBX2的表达下降会抑制肺癌细胞的迁移和侵袭,并抑制上皮细胞间充质转化通路;干扰TBX2降低细胞增殖的能力以及引起细胞周期阻滞。此外,TBX2在基因层面上看,在肺癌病人中存在基因的扩增,其潜在的靶基因可能是WNT3A。总之,TBX2可作为肺癌骨转移的潜在预测因子,为研究骨转移的驱动基因提供了一个新的方向。
其他文献
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目的:肺癌发病率和病死率均为排名第一位的恶性肿瘤。肺腺癌的发病率逐年升高,目前已经成为最主要的肺癌病理类型。影像学上磨玻璃样改变是肺腺癌典型的特征。随着胸部螺旋CT体检筛查的日益普及,肺结节,尤其是以磨玻璃为表现的肺结节检出率越来越高。阐明磨玻璃为表现的肺腺癌患者临床病理特征,基因情况及预后,对临床上判断肿瘤生物学行为,预测患者预后,早期干预提供了依据。本研究通过分析338例影像学上表现为磨玻璃样
【背景】肿瘤近红外光学成像对肿瘤的精确切除来说是一种非常重要的辅助方法,传统上,外科医生依赖于术中冰冻切片这类经验性方法来确定肿瘤组织侵犯的范围,这类检测方法不能实时、精准确定肿瘤边界范围,有时会切掉正常组织,从而导致正常功能失常;或者肿瘤组织有残余,从而导致肿瘤的复发。精确、实时地定位肿瘤的边界需要一种对肿瘤细胞有高敏感并具有良好的组织相容性的成像分子。目前,针对肿瘤的近红外光学成像的分子是单靶
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目的:肿瘤相关巨噬细胞（tumor-associated macrophages,TAMs）在肿瘤微环境中扮演者十分重要的角色,豆蛋白酶（legumain）在胃癌中高表达,且与肿瘤微环境关系密切,legumain是否通过调控TAMs影响胃癌的发生发展不甚清楚,本研究的目的是探讨legumain对于TAMs的增殖及迁移的影响,进一步研究legumain能否通过TAMs影响胃癌的发生发展。方法:应用P
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目的:在卵巢癌网膜转移动物模型RNAseq测序结果基础上,筛选出在卵巢癌网膜转移过程中强势表达的基因——补体C1q肿瘤坏死因子相关蛋白6（Complement C1q Tumor Necrosis Factor-Related Protein 6 CTRP6）;在体外细胞水平进一步探究CTRP6通过调节网膜脂肪细胞脂代谢促进卵巢癌网膜转移的机制研究。方法:利用GO富集分析卵巢癌网膜多时点动态测序结
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