最近,生物信息学作为一个新兴的交叉学科非常活跃,生物序列的表示和比较是生物信息处理的两个最为基本的问题,也是近年来生物信息学研究的重点,随着转录组和表观遗传学的发展,RNA在生命活动中扮演角色的重要性不断被科学家证实并被日益重视,通过对RNA结构相似性地研究,可以帮助我们更好地了解RNA的一些生物特点和潜在的功能。本文提出了一种新的RNA二级结构的三维图形表示方法,根据所提出的RNA二级结构的图形表示,进一步构建图形表示的距离矩阵,并从距离矩阵中提取特征来进行RNA二级结构相似性的研究。主要内容如下:一、系统的介绍了RNA二级结构的表示方法,并且在此基础上提出一种新的图形表示的方法,再依据所构造出的图形进行特征值向量地提取。二、系统的论述了构建进化树的方法,其中所运用的一个重要的方法就是基于距离的方法。当构建出不一样的进化树后再进行最大一致树的构建。最后依据所构建出的系统进化树进行RNA二级结构间的相似性分析。三、通过对得出结果的比较分析,我们可以清晰的得出结论:AVII与LRMV两种病毒是最为相似的,另外,较大的距离值出现在了APMV与ALMV;PDV与AVII中,这说明这几种RNA二级结构明显不相似。这个结论同已有的研究结果相吻合。