【摘 要】
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近年来,我国水产养殖业取得了巨大成就,然而由于养殖群体近亲繁殖,亲本逆向保留等原因,水产动物出现种质退化,以及病害的频发,已严重影响养殖业的健康可持续发展。因此,为了加快水产动物优良品种的培育,有必要对其进行遗传多样性的研究。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNPs）标记作为第三代分子标记,检测和分析技术不断成熟和完善,已受到各国研究者的广泛关注,利用
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近年来,我国水产养殖业取得了巨大成就,然而由于养殖群体近亲繁殖,亲本逆向保留等原因,水产动物出现种质退化,以及病害的频发,已严重影响养殖业的健康可持续发展。因此,为了加快水产动物优良品种的培育,有必要对其进行遗传多样性的研究。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNPs）标记作为第三代分子标记,检测和分析技术不断成熟和完善,已受到各国研究者的广泛关注,利用SNPs从DNA序列水平对水产动物种质进行研究,分析不同群体之间的遗传结构与遗传分化,使更准确地评定种质的遗传特性和相互间的关系,为今后的苗种选育工作奠定理论基础。具体研究内容如下:（1）罗氏沼虾SNP标记的筛选以罗氏沼虾肌肉组织转录组测序结果及NCBI数据库为参考,选取60个SNP位点,共设计27对引物,借助直接测序技术在马来西亚野生群体中进行位点多态性检测,最终获得12对引物共25个（41.7%）具有二等位基因、可用于遗传多样性分析的位点。（2）基于SNP标记罗氏沼虾不同群体遗传多样性分析分析25个多态位点在罗氏沼虾上海（SH）、浙江（ZJ）、马来西亚养殖群体（MF）、生长快品系选育群体（BG）及马来西亚野生群体（MW）五个群体的150尾个体中进行多态性分析,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37,五个群体平均多态信息含量值分别为:0.29、0.24、0.21、0.26、0.33,表现为中低等多态水平,每个群体的HW平衡都有不同程度的偏离,其中MF群体位点偏离数最多;对五个群体25个SNP标记进行F-检验,近交系数介于0.151～0.342之间,三个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,近交程度较严重;五个群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968、0.032～0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,为0.045,低于0.05,几乎没有遗传分化,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分析结果显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33%。对25个位点在五个群体中的基因型统计分析,有9个位点处BG群体的基因型与其它四个群体基因型分离方向相反,有14个位点处三个养殖群体的较MW群体,杂合个体频数普遍降低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。（3）基于SNP标记罗氏沼虾生长选育系不同世代间的遗传多样性分析利用已开发的25个SNP标记对罗氏沼虾生长选育系四个世代F1～F4进行遗传多样性分析,结果显示:25个SNP位点在四个世代中的平均观测杂合度Ho范围为0.26～0.33,平均期望杂合度He的分布范围为0.28～0.38,四个世代平均多态信息含量值分别为:0.311、0.296、0.263、0.214,除F4群体表现为低度多态水平,其余均属中等多态水平,且多态性水平逐代降低。每个世代的哈温平衡都有不同程度的偏离,其中F4群体位点偏离数最多。F1与各后代的遗传相似性系数逐代减小,遗传分化指数逐代增大。连续四代人工选育,基因逐步纯化,遗传稳定性越来越好。（4）SNP标记与罗氏沼虾生长性状的关联性分析为探讨SNP标记与罗氏沼虾生长性状之间的关联性,采用直接测序技术,利用25个SNP标记检测分析罗氏沼虾生长性状极端群体的遗传多样性,统计基因型频率所占百分比,经卡方检验,筛选出5个与罗氏沼虾生长状况存在潜在相关性的SNP标记,并在浙江群体中验证了这些SNP标记与生长性状之间的关联性,运用一般线性模型对SNP标记与罗氏沼虾体长、头胸甲宽、第一腹节宽、第一腹节高和体重性状的关联性进行检测。结果显示,有4个位点与生长性状呈显著相关（P＜0.05）,其中位点SNP6与体长、头胸甲宽和体重显著相关（P＜0.05）;SNP7和SNP16与五个生长性状均呈显著相关（P＜0.05）;SNP24与第一腹节高中存在显著相关。推断SNP6位点的GG基因型、SNP7位点的AA基因型与SNP24 CG基因型可能是这些位点的优势基因型,SNP16位点的GG基因型可能是该位点的劣势基因型。
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