随着生态文明建设大力推进,生态环境损害赔偿制度从立法走向司法实践正在逐步完善,损害赔偿金的管理制度是其不可或缺的重要部分,有效的管理能为环境损害的防控与治理提供良好的保障。我国生态环境损害赔偿金管理制度主要以地方规章加以确定,各地分散式的管理在实践中存在诸多问题。在此背景下,2020年3月财政部、生态环境部等与最高人民法院、最高人民检察院联合发布了《生态环境损害赔偿资金管理办法（试行）》,针对实践中的部分问题做了统一规定,指出各地区可以结合该办法及地区情况制定本地方的实施细则。但是该办法在诸多方面仍需进一步完善,比如资金来源单一、使用主体和范围局限、使用程序不健全、监督机制不完善、行政干预过度等问题。针对这些问题,本文对其管理制度展开了分析研究:首先,通过理论探索明晰生态环境损害的概念,归纳其采取何种责任承担方式,在此基础上明确赔偿金的范围和特征,并在应然的方面明确生态环境损害赔偿金的功能和定位,从而论述生态环境环境损害赔偿金管理制度的概念和特征;其次,通过对比分析国家层面和地方层面的相关政策,结合法院判决的实践案例,以期从立法和实践的角度对目前的生态环境损害赔偿金管理制度具体情况进行全面的认识;再次,通过实证分析《生态环境损害赔偿资金管理办法（试行）》中规定的不足之处,并对学理归纳的政府管理诉讼资金模式、基金会模式、第三方监管模式、法院管理模式等四种模式进行分析评价,总结我国所采取模式存在的问题;最后,基于生态文明建设的总体要求,结合我国现阶段的基本现状,对生态环境损害赔偿金管理制度的路径进行探索,提出构建全国性的环保基金会制度对赔偿金来进行管理,由环境保护部门作为业务主管单位;确定资金的来源,明确资金的用途和使用主体;构建信息公开制度,建立全面监督机制,以确保我国生态环境损害赔偿金管理制度发挥切实有效的作用。