当前，临床上病原菌对抗生素产生的耐药问题日趋严重，严重威胁人类生命健康。抗生素废水生物处理工艺的核心是驯化能够耐受并分解废水所含抗生素和其它有机污染物的生物污泥，正是这一在环境工程角度看来无误的环节却可能带来耐药微生物二次污染问题。本研究对抗生素废水生物处理反应器中污泥驯化前后微生物的药物敏感性改变现象及机制进行了深入研究和探讨，揭示了耐药菌形成是客观存在的，探讨了必要的前处理和后处理形式。通过建立序批式活性污泥反应器(SBR)来模拟抗生素废水驯化过程，对驯化前后反应器中污泥微生物进行分离纯化和最低抑菌浓度(MIC)值测定，并对耐药性自然退化和基因突变的变性梯度凝胶电泳(DGGE)定位进行了深入研究，得出如下结论：(1)抗生素废水处理中的驯化过程明显提高了反应器内不敏感菌的浓度；系统中不敏感菌由驯化前的55.7％上升到驯化后的70.5％。(2)抗生素废水处理驯化过程中59％的污泥微生物可以通过酶调控机制使其MIC值增大，微生物基于这种机制形成的耐药性可自然消除，即形成非遗传耐药性，不会产生生物安全问题。(3)抗生素废水处理驯化过程中部分污泥微生物也可以通过基因突变或获得外源基因机制产生不敏感菌株，形成可遗传耐药性，这种机制产生的耐药污泥或排放出水存在生物安全问题，直接排放具有二次污染的风险。(4)本研究证明了在抗生素废水生物处理工艺中确实存在生物不安全性和二次污染风险，建议在该类工艺中增加前处理或后处理。前处理工艺包括物化法破坏抗生素分子结构以消除耐药性形成的诱因；后处理工艺则基于直接杀灭污泥微生物以消除二次污染。