国家为建设具有中国特色,且学术水平世界一流的大学,提出了“双一流”高校发展战略。长三角城市群有着优秀的创新能力,高校众多,汇集了丰富的高等教育和知识创新资源,是国内高水平高校知识创新主要集聚区。长三角一体化战略为创新要素流动,区域内高校协同创新,实现高校间优势互补、平台共建、信息共享提供了新机遇。基于国家战略的提出和“双一流”高校建设的时代要求,长三角“双一流”高校科研资源的配置水平和未来发展方向一直受到政府和学术界的广泛关注。政府和社会关心“双一流”高校的科技创新水平,以此更好的激发高校科研能力,促进科研绩效持续增长,从而带动经济发展。科研效率作为科研绩效的量化表征,建立模型测算出科研效率,继而推断出科研绩效,从而评价当前“双一流”高校的科研发展现状具有理论与现实意义。本文以长三角“双一流”高校为研究对象,以各个“双一流”高校科研绩效为研究目标,试图发现高校科研绩效管理工作中所出现的不足,以期进一步促进高校科研资源的有效配置,进而达到合理的科研管理。在深入探讨了投入产出理论、知识生产模式转型理论与绩效评价理论后,明确了长三角“双一流”高校的科研绩效指标,构建了绩效评价体系,收集了长三角区域28所“双一流”高校2009-2018年的相关数据,运用DEA-BBC模型和Malmquist指数模型,对长三角“双一流”高校科研进行评价,从综合、纯技术、规模和Malmquist指数等多方面去进行分析;然后基于长三角“双一流”高校科研绩效测算的结果,建立面板数据模型,进行影响因素回归分析,测算这些因素对“双一流”高校科研绩效的影响程度与影响路径,最后提出相应的改进意见。数据包络分析结果显示:(1)长三角“双一流”高校科研绩效水平总体偏高,证明“双一流”高校建设政策效果明显。(2)2009-2018年,我国长三角地区“双一流”高校间科研绩效的综合效率差距明显,未来差距可能将逐渐扩大,存在强者愈强,弱者愈弱的演变趋势。(3)非DEA有效的高校存在着科研规模小,科研人员投入过多,科研经费投入过剩等问题。(4)部分高校的科研整体水平仍然存在着很大的发展和改善空间。(5)我国全要素生产率和科研技术进步两者之间变动的趋势表现出一种高度一致,说明了科研技术进步对高等院校科研创新绩效发挥了主导性影响,因此,需要在保证其他要素水平不降低的情况下,提升高校的技术进步率,这样才能从根本上提升全要素生产率。面板回归分析结果显示:(1)研发人才质量、国际交流合作程度、研究与发展机构数与长三角“双一流”高校科研绩效呈正相关;(2)人力资本投入总量与长三角“双一流”高校科研绩效呈负相关;(3)高校科研经费中政府支出比重的二次项与“双一流”高校科研绩效呈倒U型关系。最后,本文提出了相应的政策建议:(1)加强高质量人才引进和高水平科研团队建设。(2)加强国际交流合作,提升科研人员科技创新水平。(3)增加研究与发展机构建设,优化研究机构结构。(4)突出绩效导向,强化精准投入。