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新疆独特的地理环境和独特的气候特点,使得树木易受到极端天气的影响,造成树势减弱,易导致病害的发生和流行。荒漠植物作为新疆林业主体之一,占新疆总植被面积的52.9%,然而林木枝枯病已成为影响荒漠植物健康生长的主要因素,严重影响了新疆的生态环境的改善。本研究从新疆12个地(州、市)8种寄主共收集到40份枝枯标本,利用传统的形态学手段结合分子生物学的方法,明确了枝枯病原的种类及其分类地位,基于形态学特征编制了检索表,主要研究结果如下:(1)从8种寄主上分离共获得47个真菌菌株,均属于子囊菌门Ascomycota,分属11个真菌类群,分别为粪壳菌纲的壳囊孢属Cytospora、间座壳菌属Diaporthe、黑盘壳孢属Melanconis、隐球腔属Cryptosphaeria、蕉孢壳属Diatrype、Hymenopleella属、赤丛壳属Nectria和座囊菌纲的壳砖格孢属Camarosporium、小球癣菌属Microsphaeropsis。(2)本研究记录了中国新记录种1个:Hymenopleella hippophaeicola;新寄主记录8个:在沙枣上记录了Cytospora chrysosperma、C.sophoricola、Cryptosphaeria pullmanensis,铃铛刺上记录了Cytospora sophoricola,心叶椴上记录了Cryptosphaeria pullmanensis、沙棘上记录了Diaporthe cotoneastri和Nectria dematiosa、柽柳上记录了Microsphaeropsis sp.。(3)总结了荒漠植物枝枯病真菌种类鉴定依据:子座的着生方式和外观形态、子实体内部结构特征、有无特殊结构(黑线圈和中柱结构)以及孢子的形状、颜色及大小等形态特征可以作为荒漠植物枝枯病鉴定的主要依据;菌落形态特征可作为鉴定的辅助依据。(4)利用邻接法构建ITS和NL单基因片段和ITS联合RPB2基因片段系统发育树,均显示粪壳菌纲中的各种真菌均具有独立的分支,表明多基因片段联合有利于真菌种类的准确鉴定。