新疆荒漠地区可培养细菌的多样性及四个潜在新种的多相分类学研究

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新疆位于我国的西部边陲,其特殊气候和地理环境决定了该地区蕴藏特殊的微生物资源。本研究以新疆荒漠地区采集的沙土、植根处沙土、矿土和经辐射沙土样品中共分离纯化404株细菌,分属于5个门、8个纲、16个目、37个科和53个属。分离的优势菌株属于放线菌门,其次为变形杆菌门。在不同的微环境中其优势菌株结构还是有一定的差异。耐干旱、寡营养和耐辐射等抗逆性强的细菌是该地区的主要细菌群体。同时,有12.6%的细菌其16S rRNA基因序列同源性低于97%,有可能是潜在的新分类单元。通过对四个样品进行多样性指数及物种多度分布曲线图分析,地表土壤样品的分离菌株的物种多样性比较好,丰度大,并且物种分布比较均匀。说明土壤依然是该地区微生物的大本营。而营养情况更少的矿土样品中,优势物种比较集中,物种多样性不太高,丰富度小,物种分布不均匀。在新疆荒漠不同微环境中的菌群分布结构和多样性分布还是有一定的差异。此外,本研究对分离的菌株10-1-101T、10-1-84T、13-4-17T和T104-41T进行多相分类学分析。菌株10-1-101T分离自新疆荒漠沙土样品,其在0.1×TSA培养基的菌落形态为圆形,凸起,淡粉色,表面湿润,边缘整齐;该菌株好氧,细胞形态呈现杆状,有鞭毛,能运动,革兰氏阴性;全细胞脂肪酸的主要成分为C18:1ω7c(72.71%)和C16:0(7.05%);基因组G+C mo1%含量为68.8%;主要醌型为Q-10;此外,根据16S rRNA基因序列构建的系统发育树的结果表明,该菌株与Skermanella聚于一簇,并与Skermanella属仅有的两个种的模式菌株Skermanella aerolata DSM 18479T和Skermanella parooensis DSM 9527T的16S rRNA基因序列的同源性分别为94.07%和92.74%。通过表型,生理生化及系统发育树分析,菌株10-1.101T是Skermanella属的一个新种,根据其分离地点将该菌株命名为Skermanella xinjiangensis,模式菌株为菌株10-1-101T(=CCTCC AB 207153T=NRRL B-51273T)。菌株10.1-84T也是从新疆沙土样品中分离,在TSA培养基菌落形态呈圆形,黄色,表面光滑,边缘整齐;该菌株好氧,细胞形态呈现杆状,有鞭毛,能运动,革兰氏阴性;全细胞脂肪酸含量主要为C18:1ω7c,C16:o,C14:02-OH和C16:1ω7c/C15:0 iso 2-OH(9.57%);主要醌型为Q-10,还有少量的Q-8和Q-9;基因组G+Cmol%含量为63.3%;含有的主要极性脂为神经鞘糖脂类,卵磷脂,磷脂酰甘油,双磷脂酰甘油,磷脂酰乙醇胺;具有Sphingomonas属的特征多胺对称篙精脒。根据16S rRNA基因序列构建的系统发育树,菌株10-1-84T聚类于Sphingomonas属,与该属菌株的16S rRNA基因序列的同源性在91.105%.96.544%。通过表型,生理生化及系统发育树分析,菌株10-1-84T为鞘氨醇单胞菌属的一个新种,根据其分离地点将该菌株命名为Sphingomonas xinjiangensis,模式菌株为菌株10-1-84T(CCTCC AB 208035T=NRRL B-51332T)。菌株13-4.17T是从中国新疆荒漠的矿土样品中获得,该菌杆状、不运动、好氧、产生内生孢子、革兰氏阳性;菌落圆形、光滑、无色、凸起、边缘整齐;其16S rRNA基因序列与Paenibacillus chitinolyticus IFO 15660T的同源性最高(93.92%);MK-7是其主要醌型;其主要脂肪酸为anteiso-C15:0;细胞壁含有内消旋二氨基庚二酸(即m—DAP);基因组G+C mol%含量为53.8mol%。通过表型,生理生化及系统发育树分析,确定菌株13-4.17T为Paenibacillus属的一个新种,命名为Paenibacillus deserti,模式菌株为菌株13-4-17T (=CCTCC AB 208034T =KCTC 13238T).菌株T104-41T是从新疆沙土样品中分离获得,菌落为圆形,表面湿润,边缘整齐,透明,红色;细胞为球形、没有鞭毛、不运动、不产生孢子、好氧、革兰氏阴性。其16S rRNA基因序列相似度最高的为Roseomonas vinacea KCTC 22045T (98.007%)和Roseomonas aerilata 5420S-30T(96.677%);主要醌型为Q-10;其脂肪酸的主要成分为C18:1ω7c(28.39%),C16:1ω7c/C16:1ω6c(22.95%);基因组G+Cmol%含量为71.75 mol%;T104-41T与Roseomonas vinacea KCTC 22045T菌的基因组DNA-DNA杂交率为22.96%。通过表型,生理生化及系统发育树分析,菌株T104-41T为Roseomonas属的一个新种,命名为Roseomonas xinjiangensis,其模式菌株为T104-41T (= CCTCC AB 208251T=NRRL B-59266T)。
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