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目的:回顾分析骨痹止痛丸治疗肾虚型膝骨性关节炎的临床疗效,为临床研究和治疗提供有利参考。建立肾虚大鼠模型,给予肾虚大鼠口服骨痹止痛丸,研究骨痹止痛丸对肾虚大鼠膝关节软骨的调控作用机制。同时,应用转录组学探讨中医学理论“肾主骨”的相关分子机制,为这一理论提供客观的科学依据。方法:1.收集2019年2月-2021年12月在长春中医药大学附属医院中医骨伤科确诊为肾虚型膝骨性关节炎的住院患者80例。对照组患者为西医常规基础治疗,观察组患者在对照治疗基础上给予患者骨痹止痛丸口服治疗。分析患者治疗前后疼痛VAS评分、治疗前后患者膝关节功能评分（Lysholm评分）和骨关节炎指数评估量表（WOMAC）评分等变化情况,以评估其治疗效果。2.根据随机数字表法将30只SPF级6周龄雄性大鼠分为对照组、肾虚组、骨痹止痛丸组,每组10只。对照组大鼠后肢肌注0.9%生理盐水0.3 m L,每日1次,连续22天。肾虚组大鼠后肢肌肉注射氢化可的松混悬液2.5 mg/100 g,每日1次,连续进行22天。骨痹止痛丸组大鼠后肢肌肉注射氢化可的松混悬2.5 mg/100 g,每日1次,连续22天,从第8天开始,以1.05 g/（kg·d）的剂量给予骨痹止痛丸水溶液灌胃给药,每日1次,连续进行15天,直至第22天。给药期间记录大鼠体质量变化。连续给药22天后麻醉大鼠,腹主动脉取血;处死大鼠,取肾脏和膝关节软骨组织,以苏木精-伊红（hematoxylin-eosin,HE）染色法进行病理切片观察。实时荧光定量PCR（real-time quantitative PCR,qRT-PCR）法检测各组大鼠膝关节软骨中Col2a1、Col9a1、Col10a1、Col11a1、Acan、Comp、Hapln1、Ibsp、Wwp2、Sox9、Sox5、Sox4等基因的表达水平。ELISA法检测各组大鼠血清促肾上腺皮质激素（adreno cortico tropic hormone,ACTH）、皮质醇（cortisol,CORT）、促黄体生成素（luteinizing hormone,LH）和睾酮（testosterone,T）水平。3.通过RNA-seq高通量测序技术建立肾虚大鼠骨、软骨、肾脏、睾丸、甲状腺、肾上腺组织的转录组数据库,对转录组数据库进行差异表达基因分析和功能注释,同时进行组织学分析、酶联免疫吸附试验（ELASA）和qRT-PCR检测,探讨多种组织之间相互作用的“肾主骨”理论的分子机制。结果:1.骨痹止痛丸能够缓解肾虚型膝骨性关节炎患者的疼痛、僵硬程度和日常活动难度,改善膝关节功能,对肾虚型膝骨性关节炎的疗效良好。2.与对照组比较,肾虚组血清ACTH、T、LH、CORT水平显著降低（P＜0.05）,经骨痹止痛丸给药治疗后,以上指标显著上升（P＜0.05）。膝关节软骨病理切片结果:肾虚组大鼠膝关节软骨层表面塌陷,凹凸不平,软骨层明显变薄,软骨细胞固缩,软骨基质成分明显减少。骨痹止痛丸组软骨层增厚,表面光滑连续,相比肾虚组软骨层中软骨细胞数量、软骨基质和同源软骨细胞数目增加,软骨层下骨小梁增宽,分布数量增加。肾脏病理切片结果:对照组肾脏肾小管和肾小球均未见异常变化;肾虚组肾小球扩张,近曲小管变性,远曲小管扩张。骨痹止痛丸组肾小球扩张程度减轻,肾小管功能状态改善,近曲小管未见明显变性,远曲小管未见明显扩张。qRT-PCR检测结果:肾虚组较对照组的Col2a1、Col9a1、Col10a1、Col11a1、Acan、Comp、Hapln1、Ibsp、Wwp2、Sox9、Sox5、Sox4等基因表达明显下调（P＜0.05）;与肾虚组相比,骨痹止痛丸组以上基因表达明显上调（P＜0.05）。3.在肾虚状态下,骨骼和软骨的功能受到抑制。与对照组相比,肾虚大鼠表现出骨密度降低,成骨细胞和骨细胞标志物的表达水平显著降低,如Col1a1、Ibsp、Bglap、Omd、Dcn、Dmp1、Sost、Phex和Mepe。与骨稳态相关的基因Pth1r、Bmp3、Bmp8a、Fgfr3和Sox4的表达水平显著降低。包括Sox9、Sox8、Sox5、Sox4、Acan、Col2a1、Col9a1、Col11a1、Hapln1和Wwp2在内的软骨细胞标志物的表达水平在肾虚状态下降低。肥大前软骨细胞标志物（包括Fgfr3、Matn1、Comp和Runx2）的表达水平在肾虚状态下降低。此外,还研究了涉及内分泌和泌尿生殖系统的4个器官（甲状腺、肾上腺、肾脏和睾丸组织）,我们发现其功能在肾虚状态下也受到抑制。对其进行转录组测序,结果表明肾功能和睾丸标志物Cd28、Slc4a5、Slc38a3、Slc22a2、Slc22a12、Aqp7、Ephb1、Hmgb2、Col1a1、Cyp2a1、Ddit4、Col3a1、Igfbp4、Ccdc39、C1galt1和Scrn1)的表达水平在肾虚影响下降低。同时,我们发现了在肾上腺与骨（软骨）中具有一致表达模式的基因,甲状腺与骨（软骨）中具有一致表达模式的基因。并通过GO和KEGG富集分析发现了多条通路。结论:临床回顾性分析发现骨痹止痛丸对肾虚型膝骨性关节炎的疗效良好。进行动物实验后,我们发现骨痹止痛丸能够有效改善大鼠肾虚的病理状态,并通过调控Col2a1,Col9a1,Col10a1,Col11a1,Acan,Comp,Hapln1,Ibsp,Wwp2,Sox9,Sox5,Sox4等基因,从而达到保护软骨的效果。而对于“肾主骨”理论的研究结果表明,其作用途径涉及多个系统和器官,中医学所说的“肾”不仅仅是指解剖学术语“肾脏”,而是涉及到内分泌泌尿生殖系统协同调控的作用。肾虚状态下会影响骨和软骨的稳态。“肾主骨”是多个基因的功能变化引起的复杂生物网络的变化。这也与中医的整体观不谋而合,人体本身就是一个有机整体,各脏腑的功能活动相互协调,在病理上相互影响。