猪动静脉血液miRNA表达谱分析

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MicroRNAs (miRNAs)是一类长度约18~24nt的非编码RNA,能够与mRNA特异性结合从而调控基因的表达,在细胞增殖、分化、代谢、凋亡和免疫应答等生物学过程中具有重要作用。血液作为最重要的体液广泛参与机体各个生物学过程,血液中的1miRNAs被报道能稳定的存在于血液中作为生物体生理状态和病理状态的重要分子标记。然而目前对于猪血液miRNA的研究相对较少,且都是对静脉血液miRNA的研究,对于动脉血液中miRNA研究还完全是空白。为了鉴定猪血液miRNA表达谱和动静脉血液在miRNA表达水平的差异,我们利用高通量测序技术检测了猪的动脉血液和静脉血液的miRNA表达谱,并用荧光定量方法进行验证。结果如下:(1) 通过建库测序,分别在动脉血液和静脉血液获得了5.21 million (M);和8.61 M原始数据。经过滤后,超过78%的序列达到质量要求成为mappable序列,这止匕mappable序列长度集中在21~23 nt。(2)两个文库共鉴定出272个猪已知的miRNAs.52个保守的:niRNAs和281个候选miRNAs,其中表达量位于前20位的miRNAs分别占据动脉血液和静脉血液全部序列的85.35%和84.75%。(3)在表达量前20的1miRNAs中有17个是在两个文库中共同表达的,通过靶基因预测和KEGG通路分析发现在血液中高表达的miRNAs主要与红细胞的生成以及血管生成相关。(4)用IDEG6对两个文库中的miRNAs进行差异分析得到57个差异表达的miRNAs(p<0.001),其中差异倍数达到1.5倍的:miRNAs有12个:在动脉血液富集的miR-18a, miR-21, miR-99a, miR-144和miR-7以及在静脉血液富集的miR-423, miR-16, miR-181a, miR-425, miR-151, miR-192和miR-142。(5) 差异miRNAs生物信息学分析显示动脉血液富集的miRNAs与免疫反应过程相关,而静脉血液富集的miRNAs与细胞凋亡和低氧诱导过程相关。以上结果为猪的miRNA研究提供了新的参考数据,同时也奠定了猪血液miRNA研究的基础,并为基于血液研究的分子标记提供了依据。
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