YWHAE在大肠癌中的表达及其生物信息学分析

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背景及目的:大肠癌(CRC)是我国常见的恶性肿瘤之一,其发病率及死亡率在近年呈上升趋势,多数病人发病时已处于中晚期,转移及复发是患者死亡的主要原因。目前,手术治疗辅以放、化疗为主要的治疗手段,因此早期筛查与诊断大肠癌尤为重要。随着分子诊断学的不断发展,分子标记物逐渐用来早期筛查及诊断恶性肿瘤,其具有高灵敏度及特异性的特点。大量研究证明酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白,ε肽(Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation activation protein,epsilon,YWHAE)参与细胞的多种生理活动,在肿瘤的发生、发展、转移中发挥一定的作用。本文研究YWHAE在大肠癌中的表达情况以及对其生物信息学进行分析。通过挖掘相关专业数据库,探索YWHAE在大肠癌发生、发展、转移中的作用,旨为临床早期诊断大肠癌提供新型肿瘤标志物以及基因治疗靶点。方法:本实验方法涉及以下3个方面:(1)采用色谱与质谱联用技术来筛选差异表达的蛋白。(2)查阅大量相关文献,筛选出YWHAE作为本次实验的目标蛋白。应用Western Blot(免疫印迹技术)验证YWHAE在大肠癌患者癌组织及癌旁组织中的表达情况。(3)挖掘相关专业数据库,并利用软件整合数据库中YWHAE的相关信息,研究其与大肠癌之间的关系。结果:1.质谱-色谱分析结果显示,大肠癌组织及其癌旁组织共有68种差异表达蛋白,其中有42种蛋白在肿瘤组织中上调表达,26种蛋白在肿瘤组织中下调表达,本研究的目标蛋白YWHAE为上调表达蛋白之一。2.Western Blot实验结果证明YWHAE在大肠癌组织中的表达高于癌旁组织,为上调蛋白。3.分析整合Oncomine数据库得知,YWHAE在大肠癌组织中的表达高于癌旁组织;搜索Cbioportal数据库得知,编码YWHAE基因在大肠癌中的突变频率仅为2.7%。同时对YWHAE的共表达基因进行分析,根据相关性大小排列,前十位基因如下:GLOD4、COPS3、C1QBP、EIF4A1、RPA1、PRPSAP2、MRM3、TSR1、NUP88、SCO1。同时,分析得出共表达基因TP53与YWHAE水平呈正相关。通过分析COSMIC数据库,我们可以分析YWHAE的突变类型及其比例,其中无义突变所占比例最小,占0.91%,错义突变所占比例最高,达17.52%。其他突变类型所占比列较小,占比区间为0.00%-6.04%。通过ClueGO和GluePedia分析可以得到YWHAE共表达基因相互间的作用及信号传导通路。最主要的信号通路为胼胝体形态发生通路,占比37.93%,其次为胆固醇外排的正调节通路,占比17.24%。通过分析STRING数据库可以得到YWHAE与其14-3-3蛋白家族中的亚型(YWHAZ、YHWAH)、RAF1、BRAF 等蛋白密切相关。结论:1.YWHAE在大肠癌组织中上调表达,其在癌组织中表达的含量高于癌旁组织的含量。2.编码YWHAE的基因在大肠癌中突变率低,适合作为分子标志物及基因表达的研究,且该基因与大肠癌的多条转导通路密切相关,可能成为大肠癌的新型肿瘤标志物以及治疗的分子靶标,该基因在大肠癌的发生、发展、转移中起到作用值得更深入的研究与探索。
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