本研究对2013年6月采集自黄渤海30个站位的沉积物样品提取宏基因组DNA，利用454焦磷酸测序技术对ITS1和ITS2两个分子标记进行高通量测序，对有效序列依据97%相似度水平划分OTU。研究真菌在不同海域和不同分类学水平上的多样性和群落结构。测定沉积物环境理化因子，包括总碳（TOC）、总氮（TN）、C/N、总磷（TP）、总硫（TS）、总钾（TK）、pH和平均粒径。通过偏相关分析，研究真菌多样性与环境因子的关系。通过真菌群落与环境因子的冗余分析，识别影响黄渤海沉积物真菌群落结构的主要环境因子。ITS1焦磷酸测序获得有效序列122,211条，76.98%的序列可鉴定到属，共发现3,714个OTU，290个种系型，属于257个属。ITS2焦磷酸测序获得有效序列119,776条，87.91%的序列可鉴定到属，共发现6,676个OTU，232个种系型，属于201个属。南黄海、北黄海和渤海三大海域之间的OTU与种系型数量均无显著性差异。在目水平上比较不同海域真菌平均OTU数量差异。ITS1的分析结果表明，南黄海真菌OTU数量极显著高于北黄海和渤海，北黄海极显著高于渤海；而ITS2的分析结果则表明，南黄海极显著低于北黄海和渤海，北黄海与渤海无差异。在门水平上比较不同海域同一类群真菌OTU数量差异。黄渤海沉积物子囊菌OTU数量无显著差异。ITS1分析认为南黄海担子菌OTU数量显著大于渤海，而ITS2分析结果与之相反。ITS1分析认为球囊菌OTU数量无显著差异，而ITS2分析认为渤海和北黄海的球囊菌OTU显著多于南黄海。ITS1空间分布型分析结果表明，南黄海和北黄海沉积物真菌OTU呈聚集分布，而渤海沉积物真菌呈随机分布。ITS2的空间分布型结果表明，北黄海沉积物真菌OTU呈聚集分布，南黄海和渤海真菌OTU呈随机分布；ITS1和ITS2空间分布型结果均表明，三大海域沉积物真菌种系型均呈随机分布。三大海域沉积物真菌Shannon-Wiener多样性指数无显著差异。子囊菌门粪壳菌纲和座囊菌纲、担子菌门伞菌纲为优势类群。同一海域的沉积物样品具有相似的真菌群落结构。调查范围内，纬度由低到高，各海域真菌多样性大致呈现由高到低的梯度变化，即南黄海、北黄海、渤海的真菌群落组成复杂度依次降低。影响黄渤海沉积物真菌群落组成的最重要的环境因子为TN、C/N、pH。尽管以ITS1和ITS2作为分子标记，在高级分类介元上能得到类似的分类学结果，但后续多样性和群落结构分析存在一定程度的差异，PCR扩增的偏好性是其中最主要的原因。ITS1F/ITS2因其良好的真菌特异性，因而可以扩增得到更多的真菌序列；其片段长度更长，信息位点更多，且平均变异程度更高。本研究结果也表明，在分析真菌群落结构和多样性时，ITS1优于ITS2。随着测序成本的不断降低，同时采用两个片段进行测序分析，互为补充，可能得到更加准确的结果。同时，应考虑singletons和doubletons的处理方法，以减少偶见种对多样性分析的影响。此外，本研究采用形态学和分子系统学相结合的方法，对分离自黄海山东沿岸潮间带海藻（内生真菌）或沉积物的疑难真菌进行形态学描述和系统发育分析，鉴定出三个新种Phaeoisaria sedimenticola、Ascotricha longipila、Ascotrichaparvispora和一个新组合种Ascotricha sinuosa。除Phaeoisaria sedimenticola为无性型外，其余均为全型。通过探讨刺囊壳属（Ascotricha）的系统发育地位及其无性型，明确了刺囊壳属应归于炭角菌科（Xylariaceae）炭角型类群（Xylarioideae），其无性型是双聚散霉属（Dicyma），汉斯霉属（Hansfordia）可能与刺囊壳属有关。