NF-κB信号通路相关基因多态性及其交互作用与系统性红斑狼疮的关联性研究

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研究背景系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus, SLE)是一种由多因素引起并累及全身多脏器的系统性自身免疫病。尽管SLE的病因与发病机制至今尚未完全阐明,大量流行病学研究表明遗传因素在SLE的发生、发展中扮演了重要角色。近年来,随着全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)和大样本、多种族候选基因研究的不断开展,目前已发现并确认了几十个与SLE遗传易感性相关的基因/区域,然而这些已经发现的遗传因素尚不足以完全解释该病的遗传度,而尚未发现的遗传变异及其交互作用则是尚未发现遗传度的重要组成部分。最近,一系列研究报道了核因子-κB (nuclear factor-κB, NF-κB)信号通路相关基因多态性位点(NFKB1rs28362491、REL rs13031237、REL rs842647、B细胞K轻链基因增强子核因子抑制样蛋白1(nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor-like1, NFKBIL1) rs2071592、B细胞K轻链基因增强子抑制蛋白激酶p(inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells,kinase beta,IKBKB)rs12676482、肿瘤坏死因子受体相关因子6(TNF receptor-associated factor6, TRAF6) rs4755453. TRAF6rs5030437、肿瘤坏死死因子α诱导蛋白3(tumor necrosis factor alpha-induced protein3, TNFAIP3) rs2230926、TNFAIP3相互作用蛋白1(TNFAIP3-interacting protein1, TNIP1) rs10036748与TNIP1rs3792783)与SLE和/或其他自身免疫性疾病的遗传易感性相关。NF-κB是一个存在于多种细胞中的多效性转录因子家族,可由多种刺激信号(细菌/病毒感染、细胞因子与氧化应激等)诱导活化,激活的NF-κB转录因子进入细胞核与靶基因启动子结合而调节靶基因转录,这些靶基因产物参与调节炎症反应及免疫应答。大量研究表明NF-κB活化异常会导致炎症反应与免疫应答异常,并与包括SLE在内的多种自身免疫疾病的发生相关。自身免疫性疾病是一组由于自身免疫耐受破坏导致机体免疫系统攻击自身抗原而引起的疾病,此类疾病由于临床表型相似,有时可在同一个体或家族同时发生多种自身免疫性疾病,表明这类疾病可能存在共同的遗传背景。近年来,随着自身免疫性疾病遗传关联研究的不断开展,尤其是同一个基因位点在不同自身免疫病中的验证研究和同一个基因位点与多种自身免疫病遗传易感性关联研究的meta分析也证实了自身免疫性疾病确实存在共同的遗传易感位点,表明这些疾病可能具有共同的分子致病机制与生物学通路。交互作用分析与选用的交互作用模型有关,因而我们拟分别分析相加模型交互作用与相乘模型交互作用。此外,我们拟采用多因子降维(multifactor dimensionality reduction, MDR)软件分析高阶交互作用。MDR是一种无需指定遗传模型(显性遗传模型与隐性遗传模型)和交互作用模型(相加模型与相乘模型)的分析方法,近年来在高阶交互作用研究中得到了广泛应用,该方法以疾病易感性分类(高危、低危)的方式进行建模,将纳入研究的多个因子看作一个多因子组合,把高维结构降到单维二水平。目的通过检测SLE病例与正常对照中上述NF-κB信号通路相关基因多态性位点(NFKB1rs28362491、REL rs13031237、REL rs842647、NFKBIL1rs2071592、IKBKB rsl2676482、TRAF6rs4755453、TRAF6rs5030437、TNFAIP3rs2230926、TNIP1rs10036748与TNIP1rs3792783),分析其与中国人群SLE遗传易感性和SLE临床特征的关系,并进一步分析这些基因多态性位点间的交互作用。方法采用病例对照研究设计方案。SLE病例来自于安徽医科大学第一附属医院风湿免疫科和安徽医科大学附属省立医院风湿免疫科的门诊和住院患者,所有患者均符合美国风湿病协会(American College of Rheumatology, ACR)1997年修订的SLE分类标准。正常对照来自于安徽医科大学第一附属医院体检中心的正常体检人群、安徽医科大学教职工和学生中的健康志愿者,严格排除SLE与其它自身免疫性疾病。研究对象知情同意后,采用课题组自行设计的调查问卷收集SLE患者的一般人口学特征与临床特征等信息,对于正常对照则只收集了性别与年龄信息,同时抽取SLE病例与正常对照5ml外周静脉血,提取基因组DNA。运用Sequenom MassARRAY技术检测基因多态性位点。采用Epi Data3.02软件录入资料。运用STATA10.0软件评估正常对照组中各基因多态性位点的基因型频率分布是否符合哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE)。利用Power and Sample Size Calculation软件计算把握度。采用SPSS10.01软件进行卡方检验、t检验和Logistic回归分析。关联强度以比值比(odds ratio, OR)及其95%置信区间(confidence interval, CI)表示,以α=0.05为一类检验水准,多重比较时采用Bonferroni法对类检验水准进行矫正。运用叉生分析表评估相加模型交互作用,采用Logistic回归模型计算相乘模型交互作用,利用MDR软件分析高阶交互作用。结果(1)研究对象一般情况:本课题共上机检测DNA标本1862例,其中SLE病例883例,正常对照979例,考虑到基因多态性位点间交互作用分析,我们只纳入所有位点均分型成功的样本,最终共纳入SLE病例845例,正常对照950例。SLE病例组中男性89例,女性756例,年龄最小者10岁,最大者76岁,平均年龄为(35.742±12.709)岁。正常对照组中男性292例,女性658例,年龄最小者20岁,最大者81岁,平均年龄为(32.456±11.665)岁。SLE病例组与正常对照组的性别构成、平均年龄均有统计学差异(χ2=109.184,P<0.001;t=5.625,P<0.001)(2)SLE患者临床特征:在临床特征资料齐全的769例SLE患者中,关节炎453例(58.9%),颧部红斑342例(44.5%),肾脏病变320例(41.6%),口腔溃疡152例(19.8%),神经系统异常112例(14.6%),光敏感87例(11.3%),盘状红斑81例(10.5%)和浆膜炎41例(5.3%);(3)HWE检验:10个基因多态性位点在正常对照组中的基因型频率分布均符合HWE(NFKB1rs28362491位点:X2=5.143,P=0.023;REL rs13031237位点: X2=0.396,P=0.529;REL rs842647位点:X2=0.414,P=0.520;NFKBIL1,rs2071592位点:X2=0.201,P=0.654;IKBKB rs12676482位点:χ2=0.009,P=0.925;TRAF6rs4755453位点:χ2=0.191,P=0.662;TRAF6rs5030437位点:X2=0.278,P=O.598;TNFAIP3rs2230926位点:X2=0.066,P=0.798;TNIP1rs10036748位点:x2=5.581,P=0.018;TNIP1rs3792783位点:X2=1.000,P=0.317):(4)NF-κB信号通路相关基因多态性与SLE遗传易感性的关联研究:我们分析了各基因多态性位点基因型与等位基因频率分布在SLE病例组与正常对照组之间的差异,同时也分析了各基因多态性位点风险等位基因在不同遗传模型(显性遗传模型与隐性遗传模型)下与SLE遗传易感性之间的关联情况,研究结果表明NFKB1rs28362491位点(del vs.ins:X2=3.944,P=0.047,OR=1.144,95%CI1.002-1.307)、NFKBIL1rs2071592位点(A vs.T:X2=7.580,P=0.006,OR=1.205,95%CI1.055-1.376;A/A+T/A vs.T/T: X2=6.235,P=0.013,OR=1.362,95%CI1.068-1.736;A/A vs.T/A+T/T: X2=4.175,P=0.041,OR=1.228,95%CI1.008.1.495).TNFAIP3rs2230926位点(G vs.T:X2=10.172,P=0.001,OR=1.557,95%CI1.184-2.048;G/G+G/T vs.T/T:X2=10.042,P=0.002,OR=1.585,95%CI1.190-2.111)及TNIP1rs10036748位点(T vs.C:X2=8.140,P=0.004,OR=1.261,95%CI1.075-1.478; T/T vs.T/C+C/C:X2=12.594,P=3.870×10-4,R=1.412,95%CI1.167-1.708)与中国人群SLE遗传易感性相关,而未发现其他6个基因多态性位点与中国人群SLE遗传易感性相关。考虑到SLE病例组与正常对照组间的性别构成与年龄分布差异,我们也分析了矫正性别与年龄后的关联结果,其分析结果与矫正前一致。NFKB1rs28362491位点、NFKBIL1rs2071592位点与SLE遗传易感性的关联结果经Bonferroni法矫正后无统计学意义;(5)NF-κB信号通路相关基因多态性与SLE临床特征的关联研究:我们根据SLE病例是否具备某项临床特征将其分为两组,比较分析两组间各基因多态性位点等位基因频率分布差异,研究结果表明FKB1rs28362491位点与SLE患者伴发关节炎相关(del vs. ins:X2=6.901,P=0.009, OR=1.318,95%CI1.072-1.619), NFKBIL1rs2071592位点与SLE患者伴发浆膜炎相关(A vs. T: X2=5.474, P=0.019, OR=0.590,95%CI0.378-0.922),而未发现其他基因多态性位点与SLE临床特征相关;(6)NF-κB信号通路相关基因多态性交互作用与SLE的关联研究:①相加模型交互作用分析显示NFKB1rs28362491位点与TNFAIP3rs2230926位点存在交互作用(交互作用超额相对危险度(relative excess risk of interaction, RERI)=0.98,95%CI=0.02-1.93;交互作用归因比(attributable proportion of interaction, AP)=43.2%,95%CI=0.12-0.74);②相乘模型交互作用分析显不FKB1rs28362491位点与TNIP1rs3792783位点存在交互作用(P=0.03),NFKB1rs28362491位点与IKBKB rs12676482位点间存在交互作用趋势(P=0.08);③MDR分析没有发现具有统计学意义的最佳组合模型。结论本课题研究结果表明NFKB1rs28362491位点、NFKBIL1rs2071592位点、TNFAIP3rs2230926位点及TNIP1rs10036748位点与中国人群SLE遗传易感性相关,NFKB1rs28362491位点与SLE患者伴发关节炎相关,NFKBIL1rs2071592位点与SLE患者伴发浆膜炎相关。此外,NFKB1rs28362491位点与TNFAIP3rs2230926位点之间存在相加模型交互作用,NFKB1rs28362491位点与TNIP1rs3792783位点之间存在相乘模型交互作用。这些研究结果从遗传学角度表明NF-κB信号通路与SLE发生密切相关,为进一步开展NF-κB信号通路参与SLE发病的生物学机制研究提供了重要线索,同时也提示遗传易感位点及其交互作用在SLE的发生中起重要作
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