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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome，PRRS)最早于1987年发现于美国南部，该病的主要症状是妊娠母猪的繁殖障碍和仔猪的呼吸系统疾病，俗称“蓝耳病”。引起该病的病原是猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and RespiratorySyndrome virus，PRRSV)，PRRSV属于动脉炎病毒科，为有囊膜的单股正链RNA病毒，具有广泛的变异性和毒株多样性。本研究对2011年辽宁等十二个省区119个定点监测屠宰场1707份组织病料，164个疑似发病场1255份组织病料，以及2012年辽宁等十二个省区105个定点监测屠宰场1485份组织样本，152个疑似发病场588份组织病料，进行检测。结果显示，2011年屠宰场和疑似发病场的阳性率分别为16.75%，42.80%；2012年屠宰场和疑似发病场的阳性率分别为15.26%，21.09%。通过对结果的分析和比较，发现2011-2012年间定点监测屠宰场和疑似发病场的阳性率均有下降，疑似发病场阳性率下降幅度较大。应用Marc-145细胞对检测呈阳性的病料进行病毒分离，根据GenBank收录的国内外PRRSV参考毒株序列，运用Primer Premier version5.0软件设计扩增NSP2基因高变区序列引物(T1、T2)和ORF5基因全序列引物（P1、P2），用RT-PCR方法分别进行NSP2基因高变区片段和ORF5基因全序列扩增，将扩增出的目的片段与pGEM-T easy载体进行连接转化，获得包含目的片段为420bp和603bp的重组质粒，并通过菌液PCR鉴定后，送去测序。结果表明，共获得PRRSV的NSP2高变区基因序列57个，ORF5基因序列59个，扩增的NSP2基因核苷酸序列同源性为89.6%~100%，扩增的ORF5基因核苷酸序列同源性为90.5~100%；扩增的ORF5基因推导编码氨基酸序列的同源性为82.1~99.5%。通过与经典毒株JXA1、CH-1a、VR-2332等序列对比并构建基因遗传进化树，发现所获得的毒株均为美洲型毒株。运用DNAstar软件包中的MegAlign软件对所获得的基因序列进行比较分析，并且同国内已发表CH-1a、HB-1(sh)2002、JXA1等毒株以及国外已发表的标准株VR-2332分别进行核苷酸及氨基酸变异性分析。结果显示，NSP2基因的核苷酸变异主要表现为不连续的90个核苷酸的缺失；ORF5基因推导氨基酸序列变异主要表现为氨基酸点的突变。分析分离到的毒株和参比毒株构建的遗传进化树，本研究所获得的PRRSV分离株与国内分离株JXA1的遗传关系较近。我国2011年-2012年流行的优势毒株仍然是以JXA1为代表的变异株，属于第4亚群。