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本研究采用长PCR和嵌套PCR结合的方法,对鲤形目鳅科红尾副鳅的线粒体基因组全序列进行测定,并对其进行了详细的注释分析,以充实线粒体基因组数据库。同时,联合NCBI中已公布的鲤亚目5科线粒体基因组全序列,研究了鲤亚目各科及其与亚科之间的系统发育关系。获得的主要结果如下：1.红尾副鳅线粒体基因组为双链环状分子,总长16571bp,包含了和其它脊椎动物线粒体基因组一致的37个基因以及923bp的非编码区。基因组结构紧密,除控制区外基因间只存在63bp的非编码碱基,还存在33bp的重叠。基因排列及转录方向和台湾缨口鳅完全一致。2.红尾副鳅线粒体基因组具有A+T偏向性,总的A+T含量为55.6%,非编码区的A+T含量达66.4%。3.13个蛋白质编码基因中,除COⅠ基因以特殊的GTG作为起始密码子外,其余均以ATG为起始密码子。9个蛋白质编码基因以典型的TAA和TAG作为终止密码子,COⅡ、COⅢ和Cytb的终止密码子是不完整的T,只有ND4基因是以不完整的TA作为终止密码子。4.红尾副鳅线粒体基因组22个tRNA基因的反密码子和多数脊椎动物的一致,二级结构除tRNA-SerAGN缺失了DHU臂外,其余的都可以折叠成典型的三叶草结构。而tRNA-SerAGN在DHU臂相应的位置上只形成一个环。在所有tRNA的二级结构上都存在一定数目的碱基错配现象,其中绝大部分为G-U错配。5.对红尾副鳅的12S rRNA和16S rRNA的二级结构进行了预测,12S rRNA的二级结构包含43个茎环结构,16S rRNA的二级结构包含6个结构域53个茎环结构。通过比较发现,rRNA的二级结构比较保守。6.红尾副鳅的控制区含有1个终止相关序列TAS1、3个中央保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-E)、2个保守序列区(CSB-2、CSB-3)及一段保守的终止结合序列TAS (TACATA)和一段与TAS互补的序列(ATGTAT)。其中,中央保守序列CSB-F、CSB-D及保守序列CSB-2比较保守。7.通过对27种鲤亚目5科鱼类的系统发育学研究发现：1)花鳅亚科和条鳅亚科的亲缘关系较近,而与沙鳅亚科的亲缘关系相对较远,且平鳍鳅科与花鳅亚科和条鳅亚科的亲缘关系比沙鳅亚科更近一些。2)亚口鱼科和鲤科的亲缘关系较近,并且是比较原始的类群,而鳅科和平鳍鳅科是更为特化的类群。8.通过对鲤亚目的系统发育关系重建,得山鲤亚目内各科的进化关系是亚口鱼科+鲤科→平鳍鳅科+鳅科,鳅科内部各亚科的进化关系是沙鳅亚科→条鳅亚科→花鳅亚科。9.全线粒体基因组序列在解决高级分类单元的系统发育关系上是一种有效的分子手段。