随着导航系统网络化发展，有关网络安全和信息保密的问题，已经成为当前信息科学领域一个极其热点的研究课题。近年来人们对非线性系统混沌现象的研究更加深入，特别是对混沌的应用研究更引起科学工作者的关注。混沌系统能生成一种可以提供良好随机性、相关性和复杂性的伪随机序列，使混沌成为一种实际可用的密码体制。 我国的军用系统中，随着信息化程度的逐渐提高，现代化军用网络建设成为迫切要求，同时对系统信息安全的保护尤为重要，既不能被非授权用户使用，更不能流失到其它国家。所以，对系统进行在管理、制度等方面制定保护措施，也是一项十分有意义的工作。 基于上述分析，本文围绕现代舰船作战信息系统对信息安全理论进行了以下研究及应用。 首先，对混沌产生的伪随机序列的密码学特性进行研究，构造出能产生符合密码学特性的密钥产生器。 本文的重点是应用混沌密码学设计“网络实时保密通信系统”，此系统旨在对网络中各舰船之间传输的数据进行动态加、解密；从而实现网络动态实时保密通信。这是超混沌同步在数据传输加密中的应用。通过对一系列数据、图像及文件加、解密的测试，证明本文所采用的混沌加、解密算法和设计的软件具有良好的效果。 此外，本文对传统信息安全中的私钥密码学和公钥密码学进行了分析和比较，结合它们各自的优缺点设计一种组合加密算法，并设计了一种适合我国现阶段军事网络特点的模拟PKI系统实现对系统密钥进行安全管理。 最后，着眼于现代化信息战的特点，对我国海军现阶段网络结构进行分析，进一步提出军事网络一体化建设的设想。