目的通过对美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI）的GEO数据库和癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库现有的基因表达数据以及相关临床数据进行数据挖掘分析,以期寻找甲状腺乳头状癌（papillary thyroid carcinoma,PTC）颈淋巴结转移发生的关键基因及新的治疗靶点。方法对GEO数据库进行数据检索,筛选PTC组织、癌旁组织以及颈部淋巴结转移癌组织对照的基因芯片数据。用R软件进行基因差异表达分析,筛选PTC和癌旁组织的差异表达基因（差异表达基因集A）以及PTC与颈部淋巴结转移癌之间的差异表达基因（差异表达基因集B）,进一步筛选出差异表达基因集A和差异表达基因集B交集的差异表达基因集C（hub基因）。从GEO数据库提取hub基因在PTC组织、癌旁组织以及颈部淋巴结转移癌组织基因的表达数据,以箱式图展示,并对差异表达基因编码的蛋白进行蛋白-蛋白之间相互作用网络分析。从TCGA数据库中提取PTC颈部转移淋巴结相关hub基因的表达数据,比较PTC组织和癌旁组织的基因表达差异。采用单因素和多因素Logistic回归分析筛选PTC颈淋巴结转移的相关基因,并在c Bio Portal数据库对独立危险基因进行生存分析。结果通过检索GEO数据库,得到与PTC颈部淋巴结转移癌的基因芯片GSE60542。通过分析GSE60542芯片数据,差异表达基因集A中共存在704个差异表达基因,差异表达基因集B中共存在71个差异表达基因。差异表达基因集C共有9个hub基因（PRSS2、LIPG、PLEKHH1、SORD、CITED1、CCL21、SLC26A4、EGFEM1P、UBE2QL1）。箱式图结果显示:基因LIPG、PLEKHH1、SORD、SLC26A4的表达量在癌旁组织、PTC组织以及颈部淋巴结转移癌组织逐渐降低。从TCGA数据库中提取PTC中9个hub基因的表达量,结果显示:基因LIPG,PLEKHH1,SORD,SLC26A4在PTC组织呈现低表达。多因素回归分析结果显示:SLC26A4为PTC颈淋巴结转移的独立危险基因。通过c Bio Portal在线分析网站,初步筛选出对患者生存时间影响较大基因SLC26A4。差异表达基因编码的蛋白进行蛋白-蛋白之间相互作用网络分析,结果显示SLC26A4和TG、TSHR、FCRL3基因编码的蛋白蛋白之间存在相互作用网络。结论通过GEO和TCGA数据库进行芯片数据检索,并系统的分析PTC组织、癌旁组织以及颈部淋巴结转移癌组织之间的差异表达基因发现,SLC26A4基因与PTC颈淋巴结转移的发生关系密切,为深入研究PTC颈淋巴结转移发生机制提供新的潜在基因位点。