【摘 要】
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微小RNA(miRNA)是非编码RNA,可通过降解mRNA分子或抑制它们的翻译来调节mRNA的表达。为了探究骨骼肌发育的分子机制,我们通过分析鸡骨骼肌发育过程中的差异表达基因和miRNAs,
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微小RNA(miRNA)是非编码RNA,可通过降解mRNA分子或抑制它们的翻译来调节mRNA的表达。为了探究骨骼肌发育的分子机制,我们通过分析鸡骨骼肌发育过程中的差异表达基因和miRNAs,根据miRNA靶基因预测结果构建它们之间的互作网络,并对差异表达(|log2foldchange|≥1.75,P<0.005)的基因和miRNAs进行整合分析结果显示:E11-Vs-E16、E11-Vs-P1和E16-Vs-P1比较组中分别鉴定出475个(201个上调,274个下调)、492个(199个上调,293个下调)和493个(192个上调302个下调的)差异表达的miRNAs。同时也在以上三组中分别鉴定了1968个(上调1048个,下调920个)、3249个(1647个上调,1602个下调)和1525个(774个上调,751个下调)差异表达的mRNAs。MiRNA-mRNA整合分析显示整合分析显示小部分miRNAs可调节众多的mRNAs。在E11-Vs-E16、E11-Vs-P1和E16-Vs-P1比较中,以|log2fold change|>1和P<0.05为标准,分析筛选出51、77和29个显著差异表达的miRNAs。另一方面,我们发现了三个重要的miRNAs(gga-miR-205a、gga-miR-1a-3p和gga-miR-499-3p),它们在三个比较组中均差异表达。通过体外功能试验通过体外功能试验分析显示:DF-1细胞中过表达miR-222a和miR-126-5P分别显著降低了它们的靶基因CPEB3和FGFR3的表达水平。miRNA和mRNA定量验证结果与测序结果类似。此外,对负相关的miRNA-靶基因对进行GO富集分析是预测miRNA在骨骼肌发育中的功能的重要方法。在E11-Vs-E16比较组中,差异表达基因主要与肌肉维持、成肌细胞增殖和肌肉细丝相关。在E11-Vs-P1比较组中,差异表达基因主要与肌肉发育相关的通路,包括轴突延伸的负调节、肌节组织细胞氧化还原稳态和激酶抑制剂活性相关。在E16-Vs-P1比较组中,差异表达基因主要与抗细胞凋亡肾小球、基底膜发育和轴突延伸负调节的负调控相关。三个比较组的KEGG通路分析结果表明,这些差异表达基因在氧化磷酸化、丙酮酸代谢、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成和wnt信号通路中均有显著的富集。
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