最近几年的司法现实体现了非法经营罪沦为口袋罪的动向,逐渐增多的司法解释使本罪的适用逐渐脱离了应有的司法本意。本罪的司法限制适用,应首先从正确厘清其适用前提“违反国家规定”开始,其次需要科学的司法理念的指引,进而在具体适用方法上需要精细化的司法解释,最后应确立“法益保护必要性”实质标准,达到规范合理的适用效果。非法经营罪“违反国家规定”在司法实践中乱象丛生,明确指出违反的国家规定之具体内容的司法判决极少,绝大部分案件笼统的表述为“违反国家法律规定”。应对该“国家规定”进行合理解释,“违反国家规定”的认定应当仅限于《刑法》第九十六条规定的范围,国务院各部委办局制定和地方人民代表大会的部门规章以及地方性法规不应当被认定为“国家规定”,同时该“国家规定”中应有刑事罚则,否则就不能将某种行为认定为非法经营罪中的经营行为。本罪采取列举立法加兜底条款的方式,从该列举立法看,均是一些特殊的市场准入行为,国家实行特殊许可制度,因此对该兜底条款的理解和适用应遵循同类性理念。对非法经营罪进行限制的科学化司法理念还需要遵循谦抑性理念,在经营领域尤其是新兴市场领域,在刑民交叉地带,对兜底条款的适用更应注意谦抑性理念,如此才能激发市场主体的活力和潜能,对于金融以及新兴市场而言,那些社会危害性在可控范围内的、危害紧迫性不强的非法经营行为,通过行政手段规制即可。非法经营罪的限制适用还需要对司法解释进行精细化的限制。由于存在应急性解释,以及对刑法功能的过度迷信,导致该罪司法解释无预见性,且欠协调,致使该罪司法解释成为目前所有个罪中司法解释最多的一个,其司法解释急剧扩张,体现了典型的过度化解释现象。有些现有司法解释中的非法经营行为,实际上并不能作为非法经营罪处理,应通过司法解释的清理将这些司法解释中的行为回归其应有的罪名之中。对非法经营罪适用的实质性限制标准是法益侵害的必要性。市场准入秩序是非法经营罪应当保护的法益,司法实践过程中对于该罪的认定,应当以非法经营行为侵犯了市场准入秩序作为实质性的判断标准,非法经营首先是种经营行为,但属于特许经营事项,未经许可则构成非法经营。但目前的司法解释和司法实践将诸如“人体器官买卖”等不是市场经营行为作为非法经营行为处理,显然违反了本罪立法本意。市场准入下的法益保护必要性是本罪判断的实质性标准。