肝细胞癌患者血清外泌体mRNA表达谱及临床意义分析

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背景外泌体是包含了复杂RNA和蛋白质的小膜泡,其中肿瘤细胞分泌的外泌体中的m RNA携带了大量肿瘤细胞遗传信息,因此对外泌体中特异性m RNA的分析,有望找到肿瘤诊断的新型分子标志物和治疗靶点。本研究通过高通量筛选与生物信息学方法探讨肝细胞癌(HCC)患者血清外泌体m RNA的表达特征及其潜在功能。目的探索HCC患者血清外泌体m RNA与正常人之间的生物学差异,为寻找新的HCC诊断分子标志物和治疗靶点提供理论基础与新思路。方法所有研究对象采集静脉血6m L,通过静置、离心后取血清。采用锐博外泌体提取试剂盒Ribo TM Exosome Isolation Reagent(for plasma or serum)提取HCC患者及正常人(均为2男1女)血清外泌体,用Magen试剂盒提取外泌体RNA,对HCC患者血清外泌体m RNA进行纯化、行反转录形成c DNA、PCR扩增、测序,最后再对所得数据质量进行评价后和参考数据进行比对,获得BAM文件。使用GO(基因本体论)显著性富集分析、KEGG Pathway(京都基因与基因组百科全书)显著性富集分析对差异基因进行功能与通路注释。结果HCC组相比正常人组上调397个外泌体m RNA,192个外泌体m RNA表达下调。NRGN、PF4、RGS18等17个基因表达显著上调,CXCL8、MORF4L2、SYCP1等14个基因显著下调。GO显著性富集分析显示表达上调的外泌体m RNA的靶基因和蛋白质结合、蛋白质异二聚化活性、免疫系统过程的调节、胞外囊泡、细胞外细胞器、应激反应等有关,表达下调的外泌体m RNA的靶基因和嗅觉受体活性、细胞因子活性、CXCR趋化因子受体结合、中间丝、中间丝状细胞骨架等有关;KEGG通路分析显示,在下调的外泌体m RNA中9条通路被显著富集,在上调的外泌体m RNA中,30条通路被显著富集。其中,在下调的外泌体m RNA中,“基础转录因子”和“细胞因子-细胞因子受体相互作用”分别是最丰富和最有意义的通路。在上调的外泌体m RNA中,“血小板激活”、“Rap 1信号通路”、“吞噬体”、“病毒致癌”、“肌动蛋白细胞骨架的调节”与“抗原处理和呈递”等是最丰富和最有意义的通路。结论HCC患者与正常人相比血清外泌体m RNA存在较大差异,NRGN、PF4、RGS18等17个基因表达显著上调,CXCL8、MORF4L2、SYCP1等14个基因显著下调。这些差异的m RNA为寻找新的诊断标志物及治疗靶点提供了依据。
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