真核生物广泛使用组合调控方式调节基因表达。在该过程中,转录因子蛋白-蛋白相互作用与其DNA结合特异性存在耦合关系。然而,其背后的分子机制所知甚少。在本论文中,我们对碱性亮氨酸拉链(Basic leucine zipper,bZIP)转录因子组合调控分子机制进行了深入的理论研究。通过生物信息学分析,鉴定了一个对碱性亮氨酸拉链超家族DNA结合特异性至关重要的蛋白-蛋白互作位点。随后,以cAMP响应元件结合蛋白(cAMP response element-binding protein,CREB)作为模型,通过分子动力学模拟研究,发现上述蛋白互作通过控制连接区域的柔性和移动性与Arg17-DNA相互作用耦合,进而影响CREB蛋白的DNA结合特异性。进一步的结构分析支持Arg17-DNA相互作用耦合的组合调控机制普遍存在于整个bZIP超家族中。本研究为理解bZIP蛋白组合调控机制提供了基本的分子模型,对理解真核生物其他转录因子超家族组合调控具有一定的启发意义。