当前果桑生产上不同品种种源关系较为混乱,传统的技术方法难以进行准确区分。本研究利用桑科EST数据库信息开发引物,了解SSR分布特点,采用Popgene软件分析SSR位点的多态性,且利用基于EST-SSR分子标记人工绘制植物品种鉴别图(MCID)法对33个果桑种质资源进行遗传多样性分析,结果表明:1.在2350条非冗余序列中,总共搜查到965个SSR位点,分布频率为38.14%。在桑树EST-SSR中,二、三核苷酸重复类型占主导地位。其中二核苷酸重复类型的SSR最多,为635个,占全部SSR的65.8%,出现频率为25.1%;其次是三核苷酸重复类型,共有309个,占全部SSR的32.02%,出现频率为12.21%;四核苷酸重复类型共21个,出现频率0.83%,占SSR总数的2.18%。2.从中选取30对并结合文献报道的39对EST-SSR引物,合成69对候选引物,筛选出15对多态性好的引物,共扩增出166个位点,其中多态性位点123个,多态性比率为74.10%,每个引物扩增出的条带在6~19条之间,平均每对引物扩增出的条带为11.1条,多态性丰富。3.检测了果桑SSR位点的遗传多样性。15个SSR位点的多态信息含量(Polymorphism Information Contene,PIC)为0.657,引物指数(Marker Index,MI)为7.193。根据PIC值的高低,15对引物的多态性从高到低为:P61>E3>P16>E2>SS18>SS04>SSR56>P68>SS17>E6>E5>E4>P42>SSR76>P23。多态性指标显示,获得的SSR位点多态性较高。4.利用NTSYS-pc 2.11软件对15对引物的扩增结果进行遗传相似性系数分析,结果表明33个果桑种质资源间的遗传相似系数的变化幅度在0.3913~0.9826之间,平均相似系数为0.6870,33个果桑种质资源间遗传多样性较丰富。通过UPGMA法进行聚类分析结果显示当遗传相似性系数为0.671时,参试品种分为明显的四大类群。第一类包含16个材料,可分为两个亚类;第二类4个材料为朝金、红果桑2、云南长果桑和红果桑1;第三类中含有9个材料;第四类包含4个材料:红玛瑙、中桑5801、意大利桑和九纹龙桑。5.根据引物的扩增谱带,记录0/1矩阵,选取扩增条带清晰,稳定性高的两对引物,引物E3和引物E5,构建33个果桑种质资源的指纹图谱。利用引物E3将来源不同的重名品种进行PCR扩增,发现白玉王(重名)、长果桑(重名)、叶用桑1(重名)可以与之对应的材料区分开,并不是同一材料。采用基于DNA分子标记的人工绘制品种鉴别示意图方法(MCID),引物E2、引物E4和引物E6能将33个果桑种质资源完全区分鉴别,表明基于DNA分子标记的MCID法鉴定果桑种质资源的可靠性较高。