在当今互联网时代，公司作为社会财富的主要创造者，与计算机软件的结合已成为一大发展潮流。我国2006年开始施行的新《公司法》认可了知识产权出资，对这一发展潮流起到重要的推动作用。但对于软件著作权出资问题，尚无单列的条文规范，只能参考知识产权出资来进行规制。然而软件相较于其他著作的性质，具有明显的不同，对软件著作权的保护方式以及应用方式应该与一般的著作权有所区别。我国单列了《计算机软件保护条例》来对软件著作权进行特别保护，但是对于软件著作权的商业应用规范却仍然与一般的著作权相同，保护机制与应用机制不配套导致软件著作权出资面临很多现实问题。本文分为三个部分来对相关问题进行阐述。第一部分主要介绍了软件著作权出资设立公司对于社会发展的重大价值。在这一部分中，首先介绍了软件产业的发展历程及其对社会经济发展做出的巨大贡献，由此引出软件著作权的重大经济价值，接着从股东利益、公司利益、交易效率、著作权人利益四个方面来论述允许软件著作权出资对于促进市场经济发展的重大意义。第二部分主要从历史发展的角度分析了我国软件著作权出资问题的立法沿革及发展趋势。在这一部分中，首先厘清我国软件著作权出资从无公司法时期到05年《公司法》时期各阶段的立法状况，分析现阶段我国对此问题并无单列的法律规范进行规制的立法不足，并基于对立法沿革的分析，总结出我国公司法立法理念的发展趋势，而这种发展趋势恰恰是完善软件著作权出资制度的基础。第三部分主要分析了我国软件著作权出资的现实困境和解决方案。在这一部分中，笔者首先分析了我国软件著作权出资存在的三方面问题——增加侵权风险、软件著作人身权限制了软件著作财产权的充分利用、价值评估机制缺乏科学性。然后以软件著作的特殊性为思考起点，分析强化软件著作权登记在出资程序中的必要性，研究突破著作人身权一般理论的可行性，构想建立一种更加科学的价值评估机制，以这些全新的思路来解决我国软件著作权出资的现实困境。从历史发展与现实需要的角度来看，软件著作权出资问题的妥善解决，对于互联网时代下公司组织的科学发展以及社会经济的持续增长都具有极其重要的意义，从细规范软件著作权出资问题是立法的必然趋势，在一些特殊的问题上考虑对著作权的一般原理作出有益的突破是很有必要的。