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目的：通过对国际热点的植物DNA条形码候选序列psbA-trnH、rbcL、 matK和ITS2/ITS进行研究和分析,筛选出适合马鞭草科和茜草科药用植物鉴定的DNA条形码序列。方法：选择psbA-trnH、rbcL、matK、ITS2/ITS序列的通用引物、对马鞭草科和茜草科植物DNA样品进行扩增和测序,用扩增及测序成功率、种内种间差异、barcoding gap、基于BLAST1和Nearest Distance方法的鉴定成功率以及系统发育树等指标来评价各候选序列的鉴定能力。结果