粤港澳地域相连,是我国改革开放最早实行区域合作的地区,也是“一国两制”下的“特别”合作区域。粤港澳合作取得了令世界瞩目的成就,成为区域合作的成功范例。经过30年的发展,粤港澳合作正面临从市场整合向制度整合的重大历史转折。对于当今世界上唯一、独特的“一国两制”区域合作模式的深入研究,特别是分析制度创新因素对合作的作用和影响,无疑对区域合作的理论发展以及中国特色区域合作实践的创新都具有重要的启示和指导意义;同时作为“一国两制”成功实践的重要组成部分,深化对粤港澳合作的研究,探索和深化“一国”与“两制”的关系,对于新时期丰富发展“一国两制”的理论与实践,破解深化合作中的制度障碍,推动粤港澳区域的持续发展具有重大意义。本文将区域合作理论与制度创新理论进行系统的梳理,并运用马克思主义政治经济学的观点加以整合,阐述区域合作与制度创新的内在关系及其理论基础,分析粤港澳合作的普遍性和特殊性,指出合作的本质与内涵和发展的趋势;本文以制度学派的视角,将粤港澳合作的过程以制度为脉络进行梳理,分析该区域合作的历史经验、现状和存在的问题,借鉴国内和国际区域合作经验,将目前合作面临的困难从“两制”转向“一国”,为破解目前进一步深化合作的制度性障碍开辟新的路径,提出切实可行的政策建议。