脑功能连接是目前脑科学研究的热点，近年来取得了非常迅速的发展。脑磁图作为现今最先进的大脑磁源成像技术之一，具有极高的时间分辨率和空间分辨率，能准确地反映人脑的神经活动，为脑功能连接的研究提供直观有效的方法。脑磁图信号是时变非平稳信号，而时频分析方法能从时频两域同时描述信号的特征，为脑磁图信号的处理提供了可靠的手段。本论文通过对脑磁图信号进行时频相干分析，探讨了不同脑区之间的相干系数在时频域上的分布特征。　　 本论文首先介绍了小波变换的基本理论，详细论述了最佳小波母函数的选择标准，深入研究了Morlet小波变换的时频分析特性;其次讨论了瞬时频率的概念及其与Fourier频率的差异，引入了不以Fourier变换为基底的时频分析方法——希尔伯特-黄变换，并通过仿真展示其优良的时频分析特性，从时间和频率分辨率、能量分布和采样要求三方面与小波变换进行比较;在此基础上比较小波相干分析和希尔伯特-黄相干分析的特性，论证两种方法的可行性和有效性;最后分别将小波相干分析和希尔伯特-黄相干分析应用于脑磁图信号的分析中，通过全头范围内的相干图分析癫痫病人的脑功能连接，并比较其与健康人的差异。　　 本课题对于两种方法时频分析特性的比较做了深入细致的研究;有效改善了由于小波变换的频谱泄漏而导致的虚假小波相干问题;并将希尔伯特-黄相干分析方法应用于脑磁图信号的处理中，力求通过更高的时间分辨率剖析癫痫病人的脑功能连接，为癫痫病灶的精确定位提供更多的信息。