一、食管鳞癌早期诊断模型的建立 二、MIR503HG通过调控hsa-miR-503信号通路促进食管鳞癌细胞增殖、侵袭和迁移

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:silvercup
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
第一部分 食管鳞癌早期诊断模型的建立异性、准确性和AUC均为1;在GSE130078数据集中,模型的特异度为0.9565,准确度为0.963,灵敏度和AUC均为1;在GSE53622和GSE53624中,模型的灵敏度、准确度、特异度和AUC均为1;在TCGA+GTEx数据中,模型的特异度为0.93727,灵敏度为0.57143,准确度为0.9281,AUC为0.901.随后,我们又进一步增加Ⅱ期食管鳞癌组织的数据,计算得到cutoff值为0.551,用这个cutoff值预测Ⅰ/Ⅱ期食管鳞癌组织和正常组织。结果与之前类似,模型表现出很好的效能,特别是在TCGA+GTEx数据中,模型的灵敏度从0.57143增加到0.8333.这些结果表明我们建立的诊断模型在食管鳞癌早期诊断中具有很强的效能。食管癌严重威胁人类健康,其发病隐匿,早诊困难,死亡率高.lncRNA作为一类重要的非编码RNA,在多种肿瘤中表达失调,在肿瘤发生和进展中发挥重要作用。许多lncRNA已被证明是癌症诊断和治疗的潜在生物标志物和靶标。实验室前期已生成153对食管鳞癌及癌旁组织的全转录组数据。我们随机取93对食管鳞癌及癌旁组织的全转录组数据作为训练集,60对的数据作为测试集。在训练集中,我们鉴定出2468个在癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA,其中1326个lncRNA表达上调,1 142个lncRNA表达下调。去除特征不明显或特征相关性过高的lncRNA后,用剩余的2369个LncRNA进行聚类分析,可以显著区分肿瘤和正常组织。在此基础上,我们采用随机森林算法和10折交叉验证的策略进行递归特征消除,最终筛选出6个lncRNA作为一组诊断标志物。在测试集和四套外部数据集(GSE130078,GSE53622,GSE53624,TCGA+GTEx)中分别验证这六个lncRNA的表达,结果与训练集完全一致。此外,用这6个LncRNA在训练集、测试集和四套外部数据集进行无监督层次聚类,聚类分析结果显示这六个lncRNA可以有效区分肿瘤和正常组织。这表明我们筛选得到的6个lncRNA具有很强的诊断潜能,可以用于构建食管鳞癌诊断模型。基于筛选获得的6个lncRNA的表达数据,我们使用logistic回归模型构建诊断模型,得到每个患者的诊断分数(TD score)。TD score位于0~1之间,代表其患食管鳞癌的概率。取cutoff值为0.5.在训练集、测试集中测试我们构建的诊断模型的效能,结果显示在训练集和测试集中模型的特异度、灵敏度、准确度和ROC曲线下面积(AUC)均为1;在四套外部数据集中进行验证,结果显示在GSE130078数据集中,模型的特异度为0.6957,灵敏度为0.9565,准确度为0.8261,AUC为0.968;在GSE53622中,模型的灵敏度为0.9,准确度为0.95,特异度和AUC为1;在GSE53624中,模型的特异度为0.9916,灵敏度为0.8908,准确度为0.9412,AUC为0.997;在非配对的TCGA+GTEx数据中,模型的特异度为0.8413,灵敏度为0.8642,准确度为0.8466,AUC为0.951.这表明我们建立的诊断模型具有很强的诊断效能。此外,我们还发现诊断模型与性别、吸烟、饮酒等因素无关,可作为独立诊断指标。为了进一步验证模型在食管鳞癌早诊中的效能,我们选出正常组织和Ⅰ期食管鳞癌组织,使用Youden指数计算出cutoff值为0.562,用这个cutoff值预测Ⅰ期食管鳞癌组织和正常组织。结果显示在训练集和测试集中,模型的灵敏度、特最后,我们在30对配对的组织中采用qRT-PCR实验对诊断模型进行了低通量的验证。结果显示,在进行肿瘤和正常组织预测时,模型的灵敏度为0.9474,特异度为0.8947,准确度为0.9211,AUC为0.983;在预测Ⅰ/Ⅱ期食管鳞癌组织和正常组织时,模型的灵敏度为1,特异度为0.8947,准确度为0.92,AUC为0.982.这表明我们建立的诊断模型在低通量数据下也具有很强的诊断效能。综上所述,我们从153对食管鳞癌及癌旁组织的全转录组数据出发,鉴定出6个lncRNA用于食管鳞癌诊断模型的构建。构建的诊断模型在食管鳞癌诊断,甚至于早期诊断中均有很强的效能。第二部分 MIR503HG通过调控hsa-miR-503信号通路促进食管鳞癌细胞增殖、侵袭和迁移食管癌靶向治疗已经研究多年,但患者总体获益仍然有限,食管癌患者的5年生存率仍然很低。因此,需要继续寻找有效的治疗靶点。lncRNA参与多种生物学过程,在前期食管鳞癌早期诊断模型的筛选中,我们鉴定到一个lncRNA MIR503HG在食管鳞癌组织中异常高表达。本研究旨在研究MIR503HG在食管鳞癌中的功能及作用机制。首先,我们在三个GEO数据库和TCGA联合GTEx数据中分析了 MIR503HG的表达情况,结果表明MIR503HG在食管鳞癌组织中高表达,是一个潜在的癌基因。我们在KYSE30和KYSE510细胞系中,利用慢病毒系统构建了稳定敲降MIR503HG的细胞,研究MIR503HG对食管鳞癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响。CCK-8和平板克隆形成实验均表明,稳定敲降MIR503HG的细胞增殖能力被显著抑制。Transwell实验表明,稳定敲降MIR503HG的细胞侵袭和迁移能力明显减弱。皮下移植瘤实验结果显示,稳定敲降MIR503HG组肿瘤的大小和重量显著低于对照组,这与体外增殖实验结果一致。此外,我们用流式细胞术检测了稳定敲降MIR503HG对细胞周期的影响。结果表明稳定敲降MIR503HG促进细胞周期发生G1-S阻滞。接下来,我们探究了 MIR503HG的作用机制。MIR503HG作为hsa-miR-503的宿主基因,可能通过调控hsa-miR-503来发挥功能。我们用qRT-PCR技术检测稳定敲降 MIR503HG 后 hsa-miR-503 的两个成熟体 hsa-miR-503-3p 和 hsa-miR-503-5p的表达,发现这两个成熟体的表达均下调。这表明MIR503HG对hsa-miR-503 具有调控作用,可能是其发挥作用的机制。进一步,我们进行了回复实验,在稳定敲降MIR503HG的细胞中分别过表达hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p,结果表明过表达hsa-miR-503-3p和hsa-miR-503-5p均部分恢复了稳定敲降MIR503HG细胞的增殖、侵袭和迁移能力。综上所述,本研究首次探究了 MIR503HG在食管鳞癌中的功能,初步揭示了 MIR503HG通过调控hsa-miR-503信号通路促进食管鳞癌细胞增殖、侵袭和迁移的作用机制。MIR503HG可能成为食管鳞癌靶向治疗的一个新靶点。
其他文献
体感诱发电位(SEP)的波形成分包含了神经系统的生理信息,可以为临床评估神经功能和体感通路完整性提供客观依据,是脊髓型颈椎病(CSM)的早期诊断的常用手段。对体感诱发电位信号与神经功能关系的了解是精确诊断的基础,既往SEP研究主要基于动物实验模型,尚未系统分析动物与人类之间体感诱发电位信号的直接联系。此外,对动物模型的评价标准普遍基于SEP信号的时域分析方法,与之相比,时频分析可以提供更早、更敏感
本研究旨在探索一种基于光学定位引导的机械臂医用穿刺方法,探讨结构光视觉定位在机械臂穿刺引导中的精度,并建立一种基于术中需求的穿刺机构位姿约束方法,以及设计了一种规避部分奇异点的方法,并进行了实验验证和讨论。为了实现本研究中机械臂穿刺规划的目的,根据相关领域国内外研究现状分析,结合实验室条件,采用了六自由度的UR3机械臂为模型,利用D-H参数法对其建立数学模型,进行运动学分析,利用蒙特卡洛法分析机械
目的:研究单纯性高度近视眼黄斑区神经节细胞复合体(ganglion cell complex,GCC)厚度的特点及影响因素。方法:收集2019年3月至2019年5月期间在北京协和医院眼科就诊的单纯性高度近视患者40例(40眼)作为高度近视组,低度近视及正视健康志愿者40例(40眼)作为对照组。采用光学相干断层扫描血管成像测量黄斑区6mm×6mmGCC厚度,获取浅层视网膜、深层视网膜、脉络膜毛细血管
背景:主动脉夹层是一种严重危害人类生命健康的危重症心血管疾病,其病情凶险,死亡率高,急性主动脉夹层患者的死亡风险高于慢性期。急诊在急性主动脉夹层患者的初始管理中发挥着重要作用,在急诊留观期间,严密监测患者的病情变化、早期评估与识别高危患者、及时给予合理的医疗及护理干预,会使患者的存活率显著提高。目前在急诊留观期间对急性主动脉夹层患者实施的病情评估与临床响应主要基于传统经验,由于国内外相关护理研究的
目的:近年来,随着互联网医疗的兴起,出现了大量在线医疗健康类平台,患者在平台描述自己的症状和问题,医生根据患者的描述进行诊断、建议或进一步询问。这可以远程解决部分患者的问题,使其不用到院就诊,极大的方便了患者,也对医疗资源起到了一定的合理分配作用。但随着数据的积累,许多患者提出了相似的问题,造成医疗资源的浪费。因此本课题基于各种自然语言处理技术,依托公开可获取的医学问答等知识库构建问答模型,最后搭
背景:随着我国老龄化程度不断加深,失智老人的照顾问题对传统的居家养老造成了前所未有的冲击。与居家养老相比,养老机构的专业照护有利于失智老人的身心健康。由注册护士和养老护理员为主体提供的护理服务是养老机构中最重要的工作内容。但我国养老机构发展起步较晚,尚缺乏权威、科学的护理岗位工作内容界定及人力配置标准,可能降低了养老机构的护理质量。因此,本研究旨在探讨养老机构中失智老人护理人员的工作内容和工作量,
目的:端粒是位于染色体上的脆性位点,具有保护染色体的作用。流行病学研究表明,暴露在不利环境中会导致端粒功能障碍,诱发相关疾病。电离辐射会导致DNA损伤,当端粒暴露在电离辐射条件下,会导致其长度改变。本研究旨在通过收集天津市从事辐射相关行业人员体检外周血进行荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)实验检测端粒末端信号,评估辐射对端粒功能的影响,以
学位
目的探讨MR模拟定位机质量控制的建立以及分析质量控制数据。方法在北京协和医院放疗科进行单中心研究,设计核磁晨、月、年检质控流程,收集并采用描述性统计分析方法分析北京协和医院放疗科(西院)SIEMENS MAGNETOM Aera 1.5T MR模拟定位机的自2020年5月至2020年11月的147次晨检数据,2019年7月到2020年12月的18次月检数据,以及2020年1次年检数据。结果147次
研究目的:通过对中国林县食管上皮重度增生人群(以下简称重增人群)营养干预试验(Nutrition Intervention Trial,NIT)队列的35年随访数据资料的分析,调查该人群的恶性肿瘤与心脑血管疾病负担,并探索复合维生素与矿物质补充与该人群恶性肿瘤与心脑血管疾病风险之间的关系。研究方法:林县重增人群营养干预试验是一项随机、双盲、安慰剂对照试验。选取3318名40-69岁食管鳞状上皮重度