目前,我国已经建立了以城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗为主要内容的基本医疗保险体系,在制度上实现了全民覆盖。但是,目前这三项基本医保制度分割运行,不同制度人群在资金筹集、保障水平和管理机制等方面存在一定差距,制度不平衡问题比较突出。而且,三项制度缺乏有效的衔接机制,越来越不能适应市场经济条件下劳动力不断流动、人员身份不断转换的需要,既不能实现制度公平,也不能保证制度高效运转,现状亟需改变。鉴于此,本文以北京市为研究个案,以北京市现行三项基本医疗保险制度为研究对象,主要运用政策分析的研究方法,在总结归纳制度衔接理论和部分地区制度衔接实践的基础上,从制度比较的视角,重点研究三者的衔接问题。通过从覆盖范围、资金筹集、保障水平和管理机制等四个方面对三项制度进行比较分析,找出三项制度衔接的有利条件和存在的主要问题。最后,从制度衔接的基本原则和具体措施两个方面提出三项基本医疗保险制度衔接的对策建议。