农村中小金融机构是我国银行业体系的重要组成部分,农信社作为我国最基层的金融组织,如何改革关乎国民经济的稳定。2010年,我国农村信用社进入全面改制为农村商业银行的阶段,实行公司治理改革后,农村商业银行资本实力增强,更具创新和市场活力,但改革之初时间紧任务重,对于股东的管理特别是股权的设置、股东入股资格的审查、“三会一层”运作、相关内部风险管理监管指标等公司治理的问题重视不够,各种问题在随后几年逐渐显露。监管机构也针对这一系列问题作出相应的补救措施,巴塞尔委员会相继出台多部修订银行公司治理的相关制度文件,2018年,中国银保监会也颁布了《商业银行股权管理暂行办法》,强化商业银行公司治理,在这样的大背景下,如何深入完善农村商业银行的治理结构问题值得进一步研讨。本文梳理了我国农信社从初步成立发展到现代化商业银行的几个阶段,阐述农信社为什么要改革,以及改革后出现的一系列问题,并具体以辖内L农村商业银行为例,分析L农村商业银行公司治理现状,指出L农村商业银行的具体问题,如存在股东股权管理不规范、“三会一层”内部制衡机制难以有效实施以及内部风险管理不到位等问题,分析原因并提出三大优化方案:一是加大股东股权的穿透管理,从根本上解决股权结构问题;二是优化“三会一层”制度,保证股东代表大会权利、董事会集体决策能力、监事会全面监督职能,以及高级管理层经营的高效运行;三是完善内部风险管理特别是监管指标的制度建设,做好风险评估,对于重要的监管指标如资本充足率、不良贷款率和收入成本比要从制度层面加以完善,优化经营业绩。最后,本文通过L农村商业银行法人治理结构优化的研究,为我国中小商业银行公司治理水平的提高提供建议参考。