近年来,我国不断的深化科技体制改革,不断的增强了国内科研机构的实力,使得我国科研机构的体制、机制得到了不断的创新,使其与市场的结合更为紧密,新型科研机构这一创新机制体制应运而生。这类新型科研机构其特点是重视技术创新,尤其是源头性的技术创新,通过先进的尖端技术引领和推动产业发展,已经成为了各地区域创新体系的重要组成部分。大约于2005年后,我国的新型科研机构陆续兴起,目前大多数新型科研机构尚处于建设和发展的早期,许多方面还停留在创新探索的阶段。目前,在全国范围内尚未出台相关政策法规对新型科研机构进行明确界定,新型科研机构多样的组成模式和多元的发展道路,使得其内部控制管理也没有一个统一和明确的架构。新型科研机构的内部控制建设不能匹配其高效发展模式的脚步,在一定程度上制约了新型科研机构的发展,故此,对新型科研机构内部控制建设的研究具有重大的理论意义及现实需求。本文第一部分为绪论,通过研究背景引出新型科研机构这一概念,对国内外研究现状进行了评述,简要介绍了本文的理论工具和研究方法,并对本文的主要内容及框架进行了介绍。本文第二部分就相关概念和理论进行了概述,分别从内部控制、事业单位内部控制、新型科研机构内部控制和多层模糊综合评价法进行了具体的描述,为后文的分析和研究奠定理论基础。本文第三部分以香港某大学成都研究院为例,从其事业单位的性质出发并结合其新型科研机构的特征,依据《行政事业单位内部控制规范（试行）》（财会[2012]21号）、《财政部关于全面推进行政事业单位内部控制建设的指导意见》（财会[2015]24号）分析了香港某大学成都研究院内部控制现状和问题,并对产生问题的原因进行了具体分析。本文第四部分,基于多层模糊综合评价法,通过对专家进行问卷调查,对香港某大学成都研究院内部控制进行综合评价。最后,根据对香港某大学成都研究院内部控制的研究,对新型科研机构内部控制建设的优化提出了措施建议。本文通过对理论知识的汇总研究,阐述案例中的问题并结合理论提出具体的解决方案,希望通过对香港某大学成都研究院内部控制的研究,可以为其他新型科研机构,特别是政府引导型新型科研机构的内部控制建设提供参考价值。