犬瘟热病毒荧光定量PCR检测方法的建立及H基因的测序分析

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犬瘟热(Canine distemper,CD)是由犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)引起的一种急性、高度接触性、高死亡率的传染病,可感染犬科(犬、貉)、鼬科(水貂、雪貂)等多种动物。由于犬瘟热各毒株之间存在毒力的不同,我们把毒力低而具有较好免疫原性的毒株作为弱毒疫苗株,毒力强的作为强毒株。犬瘟热病毒感染的动物晚期会出现非常明显的临床症状,并且死亡率高,难以治愈,因此建立早期CDV野毒株与弱毒疫苗株的病原学诊断方法是控制犬瘟热流行的重要环节。本研究获得以下结果:  (1)本研究根据 Genebank公布的犬瘟热毒株的全基因序列比对,选择保守区域设计了一对通用引物M1和M4,并在这对通用引物中分别设计了犬瘟热的强弱毒株的特异引物M2和M3。应用该方法强弱毒株的最低检出限度在10拷贝,分别比常规 RT-PCR高出100倍和1000倍,特异性良好,对175份犬瘟热疑似病料分别进行了SYBR Green I荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR检测,分别检出127份样品和112份样品,并且在127份阳性病料中有29份为疫苗株。结果表明该方法的敏感性高于常规RT-PCR,并能有效的鉴别区分强弱毒株。  (2)本研究根据Genebank公布的犬瘟热毒株H基因全基因序列比对,在其突变区域设计探针,两边保守区域设计引物的方法,设计了两套引物及探针。通过对这两套引物及探针进行筛选,最终出一套 CT值最小及荧光强度高的探针,进行优化确定了条件,使用MEGAscript? Kit试剂盒将质粒转化为RNA,其最低检测限度为10拷贝数,强弱毒株都比常规RT-PCR高出100倍,特异性良好,对175份临床病料检测出135份阳性病料,其中有30份为疫苗株引起的。结果分析此方法具有良好的敏感行高于SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法,能有效的区分强弱毒株。  (3)对已经建立的两种荧光定量方法检测出来的强毒株,选取其中15株野毒株进行H基因测序分析,结果显示山东地区的基因型属于Asia-1型,有9-10个N-连接糖基化位点,发现第542和584位的糖基化位点是他们所特有,与山东地区基因型相比未见明显差异,与全国其他地区差异明显,对疫苗株的同源性较低,说明疫苗株对 Asia-1型野毒株的免疫效果良好。
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