目前,我国黄河流域生态保护司法协调机制已初步形成,但还有很多问题需要解决。例如,我国对黄河流域司法协调机制还没有形成专门的制度约束,因此,流域内不同地区的法院、检察院在协同治理过程中缺乏明确的法律依据,出现了一系列问题。由于缺乏刚性约束,黄河流域内各司法机关则会将注意力集中在自身利益上,而忽视与其他司法机关的合作,从而形成“碎片化”的局面。根据跨域治理和协同治理理论,面对黄河流域司法协调机制的建设问题,各地司法机关应当立足整体,加强顶层设计,加强统筹协调,努力完善体系化、多元化的司法协调机制。文章以黄河流域生态保护司法协调机制为研究对象。首先,从概念和特征上对黄河流域司法协调机制进行界定,并在协同治理理论和跨域治理理论的基础上进行论证。其次,从黄河流域生态保护司法协调机制的法律依据和案例分析入手,分析了黄河流域司法协调机制的现状,并分析了黄河流域司法协调机制的不足。接着,从黄河流域司法协调机制形成的应然逻辑入手,分析其生成逻辑、实践功能和逻辑转型。最后,分析了完善黄河流域司法协调机制的对策。它分为两个部分:核心要求和重要机制。包括完善黄河流域司法协调的立法建设、实现黄河流域司法协调机制从独立保护到协调治理理念的转变、从地方化到集中化机构的转变、从区域司法到流域协调司法的机制转型、推进司法协调机制的实质化、协调流域司法与区域司法的关系等方面,以加快推进黄河流域生态保护司法协调机制的体系化建设,为黄河流域生态保护和高质量发展添砖加瓦。