自上世纪九十年代以来，两权分离理论、委托代理理论等公司治理理论相继诞生，人们对于公司治理模式的探索开始逐渐深入，并引发了以公司治理为重点的实践探索。　　随着新三板的兴起，中小微创企业逐渐进入投资者们的视野，截至2017年一季度末，新三板挂牌公司总数已经突破11000家，挂牌公司总市值达到44390.92亿元，而其中大部分多为民营中小企业。民营中小企业已经成为推动我国经济发展的主力军，而现代的公司治理机制一直是我国民营中小企业的短板，对民营企业的公司治理进行深入研究显得刻不容缓。由于我国的企业普遍存在第二类代理问题，即终极控股股东对小股东的利益侵占，故本文主要关注新三板公司的第二类代理问题。　　在第二类代理问题下，终极控股股东的控制权越大，其侵占动机也越大，这种行为可能会损害企业长期价值。　　在公司治理结构中，董事会始终处于上传下达的位置，可以说，董事会通过有效监督，优化决策，能够完成对企业资源的合理调配，从而增加企业盈利能力，提高企业价值，可见董事会效率对于企业发展，尤其是民营企业发展起到了至关重要的作用，而提高董事会独立性对于减少大股东与小股东之间的代理问题尤为重要。一方面增加董事会独立性可以一定程度上避免企业的短视行为，如粉饰报表等，另一方面可以提高投资效率，增加企业长期价值。然而理论界对于董事会独立性对控制权与企业价值关系的调节作用的研究，相对较少，本文在此方面做了一定程度的补充。除此之外，本文还针对以上结论，进一步分析了企业异质性对研究结果带来的影响。　　本文首先介绍了研究背景及研究意义，归纳整理了以往国内外的研究文献，并对几种经典的公司治理理论进行总结。在此基础上，建立了相关的数理模型来分析终极控制权对企业价值的影响，并提出了相应的研究假设。然后选取2015-2016年中国新三板公司为研究样本，分别以企业短期、长期价值为被解释变量，以终极股东控制权比例为解释变量，并将反映企业财务、治理特征的两权分离度、企业规模、资产负债率、股权制衡度、企业年龄等因素作为控制变量，建立实证模型。最后，在此基础上进一步研究了董事会独立性以及企业异质性的调节作用。　　本文的实证结果显示:在控制两权分离度等一系列影响企业价值的变量以后，增加企业终极控制权能提高代表股东利益的企业短期价值，但是会使代表企业整体发展的企业长期价值托宾q下降。这有可能是因为新三板内的中小微企业的终极控制权越大，越有可能存在短期内粉饰报表等短视行为，并且这些行为损害了企业长期价值。在这一状况下，引入了董事会独立性这一变量，观察其能否对这种情况起到缓解作用。　　结果发现:新三板董事会独立性的提高（独立董事占比提高和董事经理兼任占比减少）可能会改变短期账面价值roe，从而改善企业长期价值tobinq。且企业成长能力、融资约束、股权制衡度的异质性也具有一定的调节作用。