证据不足不起诉制度创设的初衷是基于无罪推定原则给予犯罪嫌疑人最大限度的人权保障,使无罪的人免受刑事追究,同时该制度的确立可以使检察机关的法律监督职能在侦查阶段得以实现,为提起公诉案件的质量把关,客观上也能起到在审判前分流案件,提高诉讼效率、节约司法资源的作用。虽然证据不足不起诉制度的功能如此之大,但实践中运行情况却并不顺利,检察机关普遍存在为控制证据不足不起诉制度适用,降低不起诉率的情况,有的基层检察院甚至连续几年出现零证据不足不起诉率的现象。该制度的预期目的在司法实践中未得到很好的实现。对该制度进行深入研究,发现其在立法和司法运行中均存在问题:首先,证据不足不起诉制度在立法上的缺陷主要是证据不足不起诉的实质要件缺乏可操作性,妨碍此制度在司法实践当中的运用;证据不足不起诉的制约机制也存在弊端,作证据不足不起诉处理的案件审批程序复杂,缺乏透明度;公诉转自诉制度无法真正保护被害人权益,缺乏时效性。这些立法上的缺陷客观上影响了证据不足不起诉制度的顺畅运行和作用的充分发挥。其次,证据不足不起诉制度在司法运行中凸现出的问题主要是检察机关为防止证据不足不起诉制度被滥用,人为控制不起诉率,利用其他方式将应作证据不足不起诉处理的案件消化掉,造成证据不足不起诉率偏低,导致证据不足不起诉制度的消极滥用。造成上述问题出现的深层原因主要有两方面的因素影响:一是司法机关重实体轻程序,重惩罚轻保护,无罪推定的诉讼理念并没有真正被司法人员所接受;二是证据制度存在的缺陷客观上制约了证据不足不起诉制度的运行。针对这些问题,笔者认为有必要对现有制度进行完善:通过细化证据不足不起诉的适用条件,增强其在实践中的可操作性;完善证据不足不起诉的制约机制,防止该制度被滥用,充分发挥其应有的作用;在立法上确立证据不足不起诉再起诉程序,防止证据不足不起诉案件流失,使真正的罪犯受到应有的惩罚,恢复社会正义。当然有些问题并非是简单的制度完善就能解决的,需要相关法律制度的配合及现代诉讼理念的跟进,因此,证据不足不起诉制度立法目的的实现还需要法学界和实务界的法律工作者的共同努力,在司法实践中不断地总结经验教训,逐步地完善此制度。