论文部分内容阅读
第一部分转移、非转移性肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白表达数据库的构建及生物信息学分析目的：运用糖蛋白质组学技术方法,初步建立转移、非转移肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白表达数据库。方法：收集肝癌患者血清,根据2002UICC TNM分期标准,按照是否有血管侵犯、远处转移、局部浸润,分为肝癌非转移组27例(无血管侵袭,无远处转移,无局部浸润),肝癌转移组24例(有血管侵袭,或有远处转移,或有局部浸润),各分三组,非转移组每9例混合,转移组每8例混合。选用接骨木凝集素(SNA)通过固相亲和层析富集糖蛋白,进而应用液相色谱串联质谱(liquid chromatography-tandem Mass spectrometry, LC-MS/MS)技术,对转移、非转移肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白进行糖蛋白质组学研究,构建转移、非转移性肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白表达数据库并进行生物信息学分析,筛查与肝癌转移相关的差异糖蛋白。结果：非转移组经质谱鉴定共获SNA亲和型糖蛋白87个,转移组SNA亲和型糖蛋白获100个,差异表达的转移相关糖蛋白22个。经生物信息学分析软件NetNGlyc和NetOGlyc糖基化位点预测发现54个蛋白具有N糖基化位点,28个蛋白具有O糖基化位点,N-和O-糖基化位点均有的糖蛋白有105种。非转移肝癌病人SNA亲和型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及参与应激的蛋白分别占65.7%和74.3%,以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性和催化活性的蛋白分别占SNA亲和型糖蛋白的85.7%和22.2%。转移肝癌病人SNA亲和型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及与参与应激的蛋白分别占66.3%和75%,以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性和催化活性的蛋白分别占SNA亲和型糖蛋白的87.7%和20.5%。结论：凝集素亲和层析结合质谱鉴定是一种高通量的检测方法,SNA亲和型糖蛋白表达数据库的构建为后续研究奠定了基础。第二部分转移、非转移性肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库的构建及生物信息学分析目的：运用糖蛋白质组学技术方法,初步建立转移、非转移肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库。方法：收集肝癌患者血清,根据2002UICC TNM分期标准,按照是否有血管侵犯、远处转移、局部浸润,分为肝癌非转移组27例(无血管侵袭,无远处转移,无局部浸润),肝癌转移组24例(有血管侵袭,或有远处转移,或有局部浸润),各分三组,非转移组每9例混合,转移组每8例混合。选用红腰果E型植物血凝素(PHA-E)通过固相亲和层析富集糖蛋白,进而应用LC-MS/MS技术,对转移、非转移肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白进行糖蛋白质组学研究,构建转移、非转移肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白质表达数据库并进行生物信息学分析,筛查与肝癌转移相关的差异糖蛋白。结果：非转移组经质谱鉴定共获PHA-E亲和型糖蛋白62个,转移组PHA-E亲和型糖蛋白获57个,差异表达的转移相关糖蛋白24个。经生物信息学分析软件NetNGlyc和NetOGlyc糖基化位点预测发现38个蛋白具有N糖基化位点,21个蛋白具有O糖基化位点,N-和O-糖基化位点均有的糖蛋白有60种。非转移肝癌病人PHA-E结合型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及参与应激的蛋白分别占72.9%和83.3%,PHA-E亲和型糖蛋白以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性的蛋白占PHA-E结合型糖蛋白的88.6%。转移肝癌病人PHA-E亲和型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及参与应激的蛋白分别占67.4%和84.8%,PHA-E亲和型糖蛋白以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性的蛋白占PHA-E亲和型糖蛋白的87.8%。结论：凝集素亲和层析结合质谱鉴定是一种高通量的检测方法,PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库的构建为后续研究奠定了基础。创新点1.本研究首次建立非转移、转移肝癌病人SNA、PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库。2.通过SNA凝集素固相亲和层析、应用液相色谱串联质谱(liquid chromatography-tandem Mass spectrometry, LC-MS/MS)技术,筛查出非转移、转移肝癌组转移相关差异表达的糖蛋白共22个。3.通过PHA-E凝集素固相亲和层析、应用LC-MS/MS技术,筛查出非转移、转移肝癌组转移相关差异表达的糖蛋白共24个。潜在应用价值本研究建立了非转移、转移肝癌病人PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库,并筛查出一系列肝癌转移相关糖蛋白,可能成为肝癌潜在的转移预测新指标和靶向治疗新位点,并且为肝癌转移相关糖蛋白的研究奠定了良好基础。