DNA编码化合物库（DEL）是近二十几年出现的一种用于发现新药苗头化合物的新技术,但目前用于DEL筛选的方法有限,且效率不高,为了使DEL的筛选有更多的选择,提高DEL的筛选效率,本论文发展了一种新的用于DEL筛选的毛细管电泳（CE）方法。另外,本论文提出一种CE馏分收集（FC）方法用于满足DEL筛选过程中对痕量DNA编码化合物的检测要求。并将二者结合对DEL的CE筛选方法进行了研究。本论文主要分为以下几个部分:（1）以编码DNA为对象,建立了用于痕量DNA的CE-FC方法。首先,探讨了馏分收集过程和分离缓冲液对DNA样品有效淌度(μeff)的影响,对DNA在CE中的电泳行为进行了研究。然后,对比了经紫外检测器检测后计算得到的μeff与经FC方法检测后计算得到的μeff,发现它们几乎一致。最后对FC方法的灵敏度进行了评价,发现其可对DNA含量低至8.75×10-4fmol的样品的馏分进行检测。（2）合成了三种DNA编码化合物,它们分别是DNA编码的生物素、DNA编码的脱硫生物素和DNA编码的对碘苯丁酸,并采用HPLC/MS对它们的分子量进行了表征。另外,以链霉亲和素（SA）为靶标,合成的三种DNA编码化合物为配体,研究了在区段灌注亲和毛细管电泳（PFACE）中,靶标与配体间的相互作用关系,并探讨了PFACE在DEL筛选中的可能性和优势。（3）结合前两个部分的FC方法和PFACE法,对痕量的DNA编码化合物进行了分离筛选,并对其馏分的位置与μeff的变化之间的关系进行了研究。在干扰实验中,成功从含大量背景编码化合物的混合物中筛选出强亲和力配体,证明该法具有强大的筛选功能。且亲和力不同的配体在干扰实验中的表现不同,这种不同为PFACE筛选DEL提供了更多的可能性。本论文发展的用于DEL筛选的FC-PFACE方法为DEL的筛选提供了新的思路;另外,本论文提出的馏分收集方法拓宽了CE在馏分收集方面的应用。