在中国社会经济建设不断推进的今天,伴随着经济高速增长,在相对贫乏的资源和粗放的经济增长方式相互作用下,资源、环境对农业经济发展的约束日益凸显。发展农业科技,改变粗放的农业生产模式,由外延性增长转变为内涵性增长,对解决中国“三农”问题,保障粮食安全,具有重要的作用。发展农业科学技术,就要不断加大农业科研投入,而农业科研投入是一种稀缺品,农业科研投入的数量和使用方式,直接影响到农业科技创新和转化能力。在全面推进国家创新体系建设,深化科研机构改革的背景下,国家对农业科研投入不断增加,如何有效利用农业科研投入、合理评价农业科研机构的技术效率,提高农业科研机构的组织运行效率、为农业科研体制改革提供合理依据,是摆在我们面前的一个重要问题。本文针对以上问题,利用数据包络分析方法,从省份、区域、行业和层级科研机构的角度出发,对农业科研投入效率进行实证分析,分析结果如下:1、省份效率分析。东部发达地区的省份农业科研投入利用效率较高。2、区域效率分析。按照传统将全国划分东、中、西部,对其进行效率分析。东部和西部农业科研投入利用效率不存在显著差异,且显著高于中部地区。3、行业效率分析。种植业、畜牧业和农机化类的农业科研机构,农业科研投入利用效率较高,农垦和渔业的效率偏低。4、层级效率分析。农业科研机构按隶属关系不同,分为农业部属、省属和地市属农业科研机构,其中农业部属农业科研机构有着较高的效率,显著高于省属和地市属农业科研机构的效率,省属和地市属农业科研机构的效率相当,不存在显著差异。5、部属科研单位效率分析。2003年,农业部属科研机构的分类改革,一定程度上提高了部属农业科研机构的科研效率,但是由于改革不彻底,与非营利性科研机构和农业事业单位相比,拟转企科研机构效率并没有显著提高,非营利性科研机构、拟转企科研机构和农业事业单位三者的科研效率并不存在显著差异。