在科技全球化和知识经济的发展时代，高新技术企业集群逐渐成为世界高新技术产业发展的重要模式以及区域经济发展的重要推动力量，已引起各国政府和理论界的高度关注。随着我国自主创新战略的提出，各地区结合自身发展特点纷纷制定了区域创新发展战略，将提升自主创新能力作为促进区域科技创新和经济发展的核心任务。高新技术企业是自主创新的微观主体，集群作为高新技术企业集聚地和创新活动密集区，是国家和区域自主创新体系的重要组成部分，也是最具创新意识和发展潜力的创新群体。因此为了有效地推进高新技术企业集群自主创新，促进集群发展，探讨高新技术企业集群创新机制及能力水平具有重要的理论与实际意义。 本文在对国内外关于企业集群、自主创新等方面的相关文献研究基础上，首先界定了高新技术企业集群自主创新的内涵及特征，分析总结了高新技术企业集群自主创新的影响因素，阐明了高新技术企业集群自主创新机制与创新能力提升的关系。在分析了我国高新技术企业集群自主创新机制存在的问题的基础上，提出了包括，创新动力机制，人员及企业激励机制，知识共享与学习机制和集群知识产权管理机制等集群自主创新机制。在集群自主创新能力评价部分，通过分析高新技术企业集群自主创新能力的构成要素，构建了高新技术企业集群自主创新能力评价指标体系，提出了评价指标体系应用策略，并对全国16个高新区的创新能力情况进行了实证分析，最后，分别从政府层面、集群管理层面和高新技术企业层面分别提出了提升高新技术企业集群自主创新能力的策略，旨在为促进高新技术企业集群发展提供理论参考依据。