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目的:筛查福建肝癌高发家系肝癌患者、患者一级亲属与正常对照组的亚畸变染色体及差异基因,并通过聚类分析定位基因产物功能。方法:采血抽提肝癌高发家系肝癌组、患者一级亲属组、健康对照组基因组,采用高分辨率微阵列比较基因杂交技术(array-CGH)进行全基因组扫描,筛查出亚畸变染色体及差异基因,应用GORILLA在线分析软件对差异基因进行聚类分析。结果:染色体亚畸变及基因差异:肝癌组、亲属组、对照组均有不同程度的DNA拷贝数差异(扩增和缺失),共检查出亚畸变染色体区段86处,涉及206个差异基因。各组间染色体平均扩增数及缺失数差异无统计学意义(P=0.945)。染色体扩增和缺失频率在三组间的差异均无统计学意义(P>0.05)。差异基因频率在三组间的差异均无统计学意义(P>0.05)。聚类分析结果:206个差异基因进行聚类分析后,其中31个基因存在显著富集,分别为APOBEC3A、APOBEC3B、DEFB103A、DEFB103B、DEFB104A、DEFB104B、DEFB105A、DEFB105B、DEFB106A、DEFB106B、DEFB107A、DEFB107B、NPY4R、OR11H12、OR11H2、OR2T10、OR2T11、OR2T34、OR2T35、OR4C6、OR4K1、OR4K2、OR4K5、OR4M1、OR4M2、OR4N2、OR4N4、OR4P4、OR4Q3、OR4S2、ZDHHC11。上述差异基因主要存在于细胞膜部分;分子功能上表现为G蛋白偶联受体活性、跨膜受体活性、信号转导、嗅觉受体活性、分子转导活性;在生物学过程中与G蛋白偶联受体信号通路、对化学刺激的感知、对刺激的感知、信号转导、嗅觉感知、调控细胞过程、调节生物进程等相关。其中GO:0004930(P=1.43E-10)和GO:0007186(P=3.95E-10)富集最为显著。结论:(1)肝癌患者存在明显的染色体扩增和缺失,且部分染色体亚畸变是非随机的(频率超过10%被认为是非随机位点);(2)本研究中染色体亚畸变及差异基因与福建肝癌高发家系肝癌的发生无显著相关性;(3)G蛋白偶联受体及其介导的信号通路可能与福建原发性肝癌的发生、发展有关。