NGS在男性不育基因诊断中的应用

来源 :兰州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:honghui2009
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目的:1.在国内不同样本量及检测方法不一致导致AZF区域缺失率报道各异的背景下,在统一检测手段的情况下对国内使用传统方法测得的AZF区域缺失率进行meta分析。2.探究NGS对男性不育基因诊断中的应用,并探究NGS相较常规PCR-STS法检测AZF区域的优越性以及可能导致男性不育的基因及其可能机制,并利用网络药理学分析,寻找可能的有效药物。方法:1.利用中国知网数据库、万方数据库、Pubmed数据库、Web of science数据库检索男性不育患者AZF缺失相关文章,检索时间设定为2010-2020年,检索出符合纳入排除标准的文献并进行质量评价后使用STATA 15.0软件对数据进行统计分析。2.收集传统PCR-STS法初筛无异常并自愿行二代基因测序(NGS)的精液异常患者的基因测序信息并行统计分析,统计可能导致精液异常的基因。对异常基因进行功能富集分析(Gene Ontology,GO;Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)寻找潜在的作用机制。并将收集的基因行蛋白-蛋白互作分析分析筛选关键基因,并对关键基因做网络药理学分析,寻找可能起效的药物。结果:1.共纳入19篇相关研究,共8372例男性不育患者,对数据进行转化、合并效应量,发现男性不育患者AZF区域平均缺失率为9.75%(95%CI 8.73%-10.78%),进行亚组分析后发现无精症患者AZF区域平均缺失率为11.40%(95%CI 9.57%-13.38%)、严重少精患者AZF区域平均缺失率为7.96%(95%CI6.68%-9.34%)并依据地域进行了南北亚组分析。AZFc在男性不育患者缺失率均值为61.46%(95%CI 53.50%-69.11%),在严重少精症患者中没有发现AZFabc缺失。2.共收集到80例自愿行NGS的患者,这80例患者已行PCR-STS常规筛查并未发现AZF区域异常。发现有31.25%的患者再次被检测出AZF区域异常。我们通过NGS检测精液异常患者,82.5%的患者检测出基因异常,而这些特发性不育的患者通过常规AZF区域筛查无法进行基因异常的诊断。我们筛查出36种不同基因,其中DNAH1、DNAAF3、DNAH11、TEX14、CFTR、DNAH2、PKD1基因异常反复出现在不同患者中。经过对36种异常基因GO富集分析后发现这些高频出现的基因在生物过程、细胞组分、分子功能等方面均与精子运动及生成相关,因此这些基因与男性精液异常是具有相关性的。并利用KEGG寻找了这些基因参与的通路。异常基因进行STRING分析后,筛选出MYH1、DNAI1、DNAH1、DNAH5等10个关键基因,并对其进行了网络药理学分析后发现有30种中药可能会对这些关键基因导致的疾病起效。结论:1.中国男性不育患者AZF区域平均缺失率为9.75%,相较于严重少精症患者,无精症患者AZF缺失率更高,南北差异并不明显。说明国内在同样的检测手段下影响AZF区域缺失检测率的主要因素为样本量,南北地域差距并不明显。2.我们对常规AZF区域筛查无异常的患者行NGS检测,发现有31.25%的患者再次被检测出AZF区域异常,说明NGS技术在AZF区域检测方面准确性比常规PCR-STS法高,有30%左右的患者无法通过常规方法检测AZF区域异常,NGS可以对常规PCR-STS法进行补充,在临床上可以推荐AZF筛查无异常的特发性男性不育患者进一步行NGS基因检测。3.我们通过NGS检测精液异常患者,82.5%的患者检测出基因异常,而这些特发性不育的患者通过常规AZF区域筛查无法进行基因异常的诊断,因此显示出了NGS在基因诊断中的优越性。4.在我们的病例中我们发现DNAH1、DNAH5、CFTR、CYP17A1等基因出现频率较高,其中5例输精管缺失患者均为CFTR基因缺失,也从临床数据一定程度上印证了CFTR与CBVAD的关联。对异常的36种基因行生物信息学分析后发现,高频出现的基因与精子运动及生成相关,因此这些基因与男性不育是具有相关性的。对36种基因进行了蛋白-蛋白互作分析,筛选出10个关键基因,并对关键基因进行网络药理学分析后,我们得出30种中药含有关键基因的靶向化合物,为今后中药提取治疗男性精液异常有效成分提供依据。有利于对精液异常患者进行个体化治疗。
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