水稻(Oryza sativa L.)作为重要的高等真核模式植物,具有重大研究意义。真核生物遗传物质染色质的基本结构单位是核小体,它是由组蛋白八聚体和~147bp的核心DNA组成,其中组蛋白八聚体是由组蛋白H2A/H2B,H3/H4各两个拷贝组成,核心DNA围绕组蛋白八聚体盘绕1.75圈,组蛋白H1结合在连接DNA上,锁住核小体DNA的进出端,稳定核小体的状态。核小体在压缩染色质形成高级结构和基因调控中发挥重要作用,分析水稻基因组中核小体在DNA序列上的精确位置,即核小体定位,对于基因调控机制的研究具有重要的意义。核小体定位与顺式调节元件的位置相关。例如,有研究发现核小体位于真核基因的转录起始位点(TSS,transcription start stie)附近,然而关于核小体定位的动态模式及其与转录调节间关联的研究较少。本课题采用微球菌核酸酶(MNase,micrococcal nuclease)消化水稻染色质,获得单核小体大小的DNA片段,经纯化后扩增,通过Illumina高通量测序获得DNA序列,运用生物信息学分析手段,对水稻日本晴根、茎、叶三种不同组织全基因组核小体定位进行分析;通过核小体与TSSs附近区域不同的结合情况对水稻基因进行分类,揭示了与不同功能类别基因相关的核小体定位模式;寻找核小体定位不同的开放基因,并对每个组织的不同核小体定位的开放基因做GO(gene ontology)分析,发现核小体的定位差异与基因表达具有很强的关联性。通过整合MNase-seq数据分析,我们初步在水稻中揭示了核小体定位模式与基因结构、功能以及表达调控之间的关系。