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本论文运用新型的、基于热力学原理的竞争平衡透析方法和一系列光谱手段及微量热技术对几种典型的核酸序列结构具有特殊识别能力的小分子进行了深入的研究。全文共分四个部分，其具体内容如下：
[1]研究了coralyne与polyrA的相互作用。研究表明coralyne能够特异性的与单链核酸polyrA结合，并且结合能力非常强，表观结合常数为(1.8±0.3)×106M-1。coralyne与polyrA的结合在热力学上主要是焓驱动的，结合的化学计量比为一个coralyne分子结合四对碱基。在此实验条件下，coralyne的存在使polyrA形成二级结构，其熔融温度为60℃。研究了coralyne与RNA三股螺旋polyA·2polyU及RNA双螺旋polyA·polyU的相互识别作用。实验结果表明coralyne不仅与单链核糖核酸polyrA具有很强的结合能力，同时与RNA三股螺旋polyA·2polyU及RNA双螺旋polyA·polyU的结合能力也较强。
[2]应用这种新型的竞争平衡透析方法研究了荧光染料分子TO对各种核酸结构序列的选择性。在竞争平衡透析实验中使用的19种不同结构和序列的核酸中，TO与DNA三股螺旋polydA·2polydT的结合能力远高于其他结构和序列的核酸。紫外热变性实验和荧光滴定实验从另一个角度证明了TO这种荧光染料能够特异性的识别并且稳定DNA的三螺旋结构。
[3]研究了荧光染料oxazine170与杂合体三股螺旋核酸polyA：2polydT的相互作用。polyrA与2倍计量比的polydT在实验的条件下不能形成杂合体三股螺旋，然而oxazine170能够诱导它们在相同的条件下形成三股螺旋核酸。杂合体三股螺旋形成的动力来源于Oxazine170对polyrA：2polydT体系强烈的结构选择性。竞争平衡透析实验表明oxazine170对DNA：RNA：DNA杂合体polyrA·2polydT的选择性远远高于相应的双螺旋构型polyrA·polydT。oxazine170与单股螺旋核酸polydT不结合，与DNA：RNA杂合体polyrA·polydT的结合量很少，所以它与polyrA-2polydT混合体系明显的强烈相互作用一定是由于配体诱导核酸发生了构型的变化。
[4]研究了四种对称的花青染料DODC、DSDC、DOC和DSTC与三股螺旋DNA的相互作用方式。研究表明连接对称花青染料的两个杂环的多甲基桥的次甲基数目对三股螺旋的选择性起很大的作用，同时两个杂环上杂原子的种类也影响染料对三股螺旋的选择性。DODC的结构选择性高于DSDC，但是结合能力较DSDC弱。
综上所述，本论文对核酸与小分子的相互作用问题进行了深入的研究。运用竞争平衡透析方法及一系列光谱和微量热技术对不同的核酸结合试剂的结构和序列选择性进行了系统的研究。研究得到了一些未见报道的小分子对核酸特殊结构序列的选择性，如：TO和四种染料小分子对三股螺旋DNA的特殊的识别能力，coralyne与polyrA强烈的识别作用，oxazine170能够诱导杂合体三股螺旋核酸poly(rA)·2poly(dT)的形成。