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为了研究实验用动物贵州白香猪的遗传结构和遗传背景,本研究采用PCR测序技术对贵州白香猪Ⅰ系和Ⅱ系30个个体线粒体DNA D-loop区全序列和10个雄性个体Y染色体上的SRY基因编码区序列进行了序列测定,并结合GenBank上已发表的同源序列,进行了群体遗传结构及分子系统发育分析,得到如下结果：1.贵州白香猪线粒体D-loop区全长为1118、1128和1138bp三种不同长度。A、T、G、C碱基的平均含量分别为31.6%、24.7%、17.1%和26.6%,A+T含量(56.3%)明显高于G+C含量(43.7%)。D-loop区核苷酸多样性(Pi)为0.00119,平均核苷酸差异数(k)为1.333。2.贵州白香猪两品系的30个个体共检测到3种线粒体单倍型,GZWXI8、GZWXI12和GZWXII230。Ⅰ系15个被检测个体占有全部这三种单倍型,Ⅱ系15个被检测个体只占有其中的一种单倍型GZWXII230。在30个个体中,有4个个体共享单倍型GZWXI12,10个个体共享单倍型GZWXI8,16个个体共享单倍型GZWXII230,其中包含1个Ⅰ系个体。3.贵州白香猪Ⅱ系15个被检测个体当中只存在1种线粒体单倍型GZWXII230。Ⅰ系116号个体共享单倍型GZWXII230,这与Ⅱ系猪是从Ⅰ系猪当中选育出来的培育事实相符。Ⅰ系猪中检测到较多单倍型,需进一步选育提纯。4.Ⅰ系、Ⅱ系猪线粒体D-loop序列与GenBank上收录的49个猪品种同源序列比对,检测到42个多态位点,界定了57种单倍型。贵州白香猪的两个品系与中国其它地方猪品种没有共享单倍型,说明贵州白香猪在母系遗传上具有独特的遗传结构。5.通过进一步系统发生育分析,从构建的NJ系统树和UPGMA系统树来看,57种单倍型可分为A、B两大类型：以中国猪种单倍型为主的A类和以欧洲猪种单倍型为主的B类。贵州白香猪处于A类,并单独聚为一小类。6.本研究还检测了国内外14个家猪品种(类群)及中国野猪,共计75个雄性个体的Y染色体SRY基因,结果表明该基因编码区序列长为711bp,检测到6个多态位点,界定了6种单倍型。贵州白香猪Ⅰ系和Ⅱ系的10个样本在SRY基因编码区未观察到核苷酸序列变异。与国内其它地方猪品种、5头中国野猪的SRY基因同源序列进行比对,除个别个体有差异外,绝大多数个体共享1种单倍型GZWXI,表明中国家猪具有共同的父系起源。7.约克夏(Yorkshire)、杜洛克(Duroc)、长白(Landrace)和汉普夏(Hampshire)4个欧洲猪种绝大多数个体共享1种单倍型Yorkshire。单倍型GZWXI与单倍型Yorkshire在136bp和638bp处有2个主要变异位点,分别为G/C颠换和C/G颠换。8.根据检测到的SRY基因单倍型,利用MEGA软件构建分子系统树,结果显示中国猪种(包括5头野猪)与欧洲猪种可聚为A、B两大支。