基因组印记是一种特殊的表观遗传学调控,以亲本特异性方式影响基因表达。印记基因座内顺式调控元件与表观遗传调控机制和转录因子共同作用,严格以等位基因特异性表达模式调控印记基因的表达。已知,印记控制区（imprinting control regions,ICR）与增强子是两个主要的顺式作用元件来调控印记基因的亲本特异性表达。这些顺式调控元件在印记区域相互作用模式被破坏时,可导致印记基因表达缺陷,其表达紊乱可引发多种人类先天性疾病,例如天使综合征（Angelman Syndromes,AS）、普-威综合征（Prader-Willi Syndromes,PWS）和贝-威综合征（Beckwith–Wiedemann Syndromes,BWS）,以及许多癌症。已有报道显示含有P-TEFb的超伸长复合物（Super elongation complex,SEC）和类超伸长复合物（Super elongation complex-like 2/3,SEC-L2和SEC-L3）可参与调控不同的基因表达,在发育和疾病中具有功能特异性。已经证明,AFF3是类超伸长复合物3（SEC-L3）的中心成分,可结合在Dlk1-Dio3印记基因座内的基因间差异甲基化区域（intergenicdifferentially methylated region,IG-DMR）和Meg3增强子处,以调节小鼠胚胎干（embryonic stem,ES）细胞中该基因簇中的等位基因特异性基因表达。AFF3富集在IGDMR依赖于ZFP57,但是,尚不清楚Meg3增强子处AFF3是如何调控等位基因特异性基因表达模式及其作用的分子机制。Krüppe1样锌指转录因子ZFP281是调控小鼠胚胎干细胞多能性的主要调节因子。我们通过从头基序分析小鼠ES细胞中AFF3富集的增强子区域鉴定了ZFP281的保守识别序列。随后,全基因组分析进一步确定了ZFP281作为关键性因子在许多增强子处与AFF3共定位,并介导了AFF3在染色质的定位,进而共同调控靶基因的表达。在印记控制区,如Dlk1-Dio3印记基因座,ZFP281与AFF3特异性地结合在其增强子上,而非IG-DMR处。随后的功能分析表明:ZFP281可以以等位基因特异性方式调节增强子活性,并募集AFF3到Meg3的上游增强子处,进而通过调控其转录延伸,以确保相关印记基因的单等位基因特异性表达。利用shRNA介导的RNAi将Zfp281敲除时,AFF3在Meg3上游增强子的募集受到影响,Meg3多顺反子的表达下调。因此,我们鉴定出AFF3被募集至增强子的调节子,并揭示AFF3在印记Dlk1-Dio3基因座中Meg3多顺反子转录表达调控的分子机制。我们的结果表明,不同的锌指蛋白,例如ZFP57和ZFP281,可以募集AFF3到不同的调节元件,并以特异位点差异性方式调节AFF3的不同功能。