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本研究选用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的12对微卫星引物,以ABI3100-Avant全自动基因序列分析仪为平台,结合荧光-多重PCR技术,检测了9个中国地方牛品种和3个外来牛品种群体的基因型。通过计算平均遗传杂合度、多态信息含量、奈氏遗传距离和奈氏标准遗传距离,采用邻近结合法和非加权组对算术平均聚类法,分析了12个中外黄牛品种的群体内和群体间的遗传变异,结果如下:1、9个中国地方黄牛的遗传资源丰富,变异范围较大。在12个微卫星座位上拥有的等位基因数(4-17)比外来品种(4-11)要高,拥有的特有等位基因(14)也比3个外来品种要多(3)。9个地方黄牛品种的平均遗传杂合度(0.712-0.827)和多态信息含量(0.65-0.80)均高于三个外来品种牛。其中郏县红牛群体内遗传变异最高。2、9个地方黄牛品种与3个外来牛种之间有很大差异,两者之间遗传距离较大。9个地方黄牛品种之中,恩施黄牛、黎平黄牛、昭通黄牛和川南山地牛之间的遗传距离都很小(DA和DS均为0.08以下),郏县红牛、平陆山地牛和早胜牛之间遗传距离也很小(DS在0.05以下),而延边牛和长白地方牛与其他地方黄牛品种之间的遗传距离都很大。在3个外来品种中,西门塔尔牛与夏洛来牛的遗传距离(DS为0.1109)较小。3、综合聚类分析和总结其他人的研究结果,印证了《中国牛品种志》所提到的延边牛、长白地方牛为同种异名。4、12个中外牛品种被聚为4类:Ⅰ类属于南方黄牛品种,包括恩施黄牛、黎平黄牛、昭通黄牛和川南山地牛;Ⅱ类属于中原黄牛品种,包括郏县红牛、平陆山地牛和早胜牛;Ⅲ类属于北方黄牛,包括延边牛和长白地方牛;Ⅳ类属于外来牛品种,包括西门塔尔牛、夏洛来牛和德国黄牛。5、本文所用的12个微卫星座位,属于高度多态性座位,可以用于黄牛的遗传多样性的分析研究。