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灰飞虱(Laodelphax striatellus,Small brown planthopper,SBPH)属半翅目(Hemiptera)、飞虱科(Delphacidae),是一种重要的刺吸式害虫,成、若虫均以口器刺吸植物汁液为害。国外分布遍及东亚、东南亚、欧洲和北非等地,国内则遍布全国,以长江中下游、黄淮和华北地区发生较多。灰飞虱寄主广泛,能作为介体传播多种病毒造成水稻、玉米和小麦病毒病的大面积流行,其危害远大于直接刺吸危害。前人已经对其发生为害规律和传毒特性等进行了大量研究,但对本身的病毒鲜有报道。本研究通过转录组测序对采集自我国16个地区的灰飞虱种群体内存在的病毒进行了全面研究。通过序列拼接和比对共鉴定出6种病毒,分别为3种已知病毒:Himetobi P virus(HiPV)、Laodelphax striatellus iflavirus 1(LsIV1)和Laodelphax striatellus associated partitivirus(LsaPV);3种未知病毒,分别暂命名为Laodelphax striatellus Fiji-like virus、Laodelphax striatellus Phle-like virus和Laodelphax striatellus Virga-like virus。在RT-PCR检测的基础上,比较分析了不同地区检出病毒的种类与分布差异,结果显示Laodelphax striatellus Virga-like virus分布最广泛,在取样的16个地区均可检出,其次是Laodelphax striatellus Phle-like virus、HiPV和LsIV1,而Laodelphax striatellus Fiji-like virus和LsaPV检出率较低。另外,虽然不同地区间病毒发生的种类和检出率存在一定差异,但也存在一定的规律。其中中东部地区的河南原阳、江苏淮安和安徽合肥的灰飞虱群体携带病毒种类最多,为4种;其余各地区则携带1~3种病毒不等。基于测序数据获得6种病毒的近全长基因组序列进行了进化分析。病毒复制酶(RdRp)和外壳蛋白(CP)系统进化树显示,从扬州和原阳分离出HiPV-CP序列与原始序列最为相似,而济南和枣庄的则相隔较远;从德州分离出的LsIV1-RdRp与原始序列最为相近;从河南原阳分离出的LsaPV-RdRp与原始序列最为接近,北京其次。对于3种未知病毒,从北京、武汉分离出的Laodelphax striatellus Phle-like virus-RdRp在进化关系上最为接近,其次是唐县、长沙和扬州,其他地区则序列差异不大;从合肥与昆明分离出的Laodelphax striatellus Fiji-like virus-RdRp在进化关系上最为接近;而Laodelphax striatellus Virga-like virus序列保守性较强,不同地区之间几乎没有碱基突变。我们还基于测序数据结合生物信息学方法对6种病毒基因组进行了初步的重组、多态性和SNP分析。此外,还利用高通量测序和分子生物学手段鉴定了叶蝉体内的一种新病毒。综上所述,本研究开展了对国内不同地区灰飞虱病毒种类与分布的调查与研究,鉴定了其体内存在的新病毒,明确了灰飞虱病毒的种类及地理分布特点,并初步分析了灰飞虱病毒的遗传变异以及系统进化,为研究介体昆虫病毒的进化提供了参考。