生物基因组中蛋白质编码序列的长度分布模型与基因组进化的研究

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本文共三章: 第一章通过对三个不同版本酵母基因组数据的比较,分析了近几年来酵母基因组中开阅读框架(ORF)和蛋白质编码序列的变化情况;发现短的ORF变化不稳定,并给出造成这种不稳定的可能原因是序列的随机性;给出了TY*类ORF和以其它方式命名的ORF(*类ORF)的特点,并对所有*类ORF在2001年和2002年数据库中的变化作了一些讨论。 第二章分析了真核、细菌和古核菌总计30种生物基因组中蛋白质编码序列的数目随长度的分布,由分布的特点提出这类分布是Γ(α,β)分布的假设。用各种分布模型进行拟合比较,结果表明生物基因组中蛋白质编码序列的数目随长度的分布符合Γ(α,β)分布。分析各生物基因组的拟合参数发现α和β值与基因组进化存在明显的相关性;讨论了α和β值的生物进化意义,并给出了真核生物偏好使用长基因的结论。 第三章分析了人类24条染色体基因组中蛋白质编码序列的数目随长度的分布,发现分布规律有明显的相似性;用Γ(α,β)分布对实际分布进行拟合,其特征参数Q均小于1。而第二章研究的其它生物(巧种真细菌,10种古核菌和5种真核生物)均是Q习的F(Q,p)分布。经过分析比较,推测人的分布也应该是Q>l的F(。,p)分布。在对短序列补充了推测数据后,重新对数据拟合,效果很好,a值在1.19一1.85之间。
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