民办学校与公立学校相比，具有不同的特征，政府作为公立学校的投资主体，对学校具有无限的责任，因此学校对政府有着长期的依赖性，学校的内外部监督都依靠政府的指导进行；而民办学校与政府的关系相对独立，政府主要对民办学校进行外部监督，即从宏观意义上来指导学校的运作和发展，而学校内部监督扮演着重要的角色。 本文在现代学校制度理论的背景下，通过对自组织理论的研究，阐明民办高校内部管理体制的特性；从反思法的角度和现代学校管理体制的演变过程，阐述目前研究民办高校内部监督制度的必要性。从我国目前的民办教育法律、法规、规章对学校内部监督的相关规定出发，通过对重庆市民办高校的校长、行政人员、教师等进行访谈调查，从民办高校董事会、校长(校务委员会)、党建工作、教职工代表大会制度建设以及各高校内部监督部门建设等几个方面考察了目前民办高校的内部监督机制的运作情况，分析了影响民办高校内部监督制度有效性的具体原因。结合国内外对学校内部监督制度的已有研究和实践经验，并借鉴国有企业改制中对公司内部监督制度建立的相关研究，对我国民办高校内部监督制度的有效运行提出建议。希望通过对民办高校内部监督制度有效性的研究，完善民办高校内部管理体制，以促进民办高校的改革和发展。