在公司治理架构不济,公司契约理论兴起,持续优化营商环境的时代背景下,股东协议逐渐成为我国公司治理的重要工具。公司契约理论是股东协议适用于公司治理的理论基础。股东协议影响公司治理的方方面面,基于公司存续的逻辑,从公司设立到公司运作再到公司解散或清算,不同时期的股东协议重点、内容均有所差异,有关股东协议案件数量也呈逐年上升的趋势,司法裁判观点分歧较为突出。然而,我国现行公司法律并未给予股东协议充分关注,理论研究也略显薄弱。我国治理现状的形成有其深刻的历史原因,各国股东协议制度的立法模式各有千秋。股东协议与公司章程本质上都是契约,都能产生组织法效力;股东协议与股东会决议分属不同的法律行为,各有其独特价值。厘清股东协议与其他公司治理机制的关系是规范股东协议治理的关键环节。应当保持对非全体股东协议的审慎态度,明确协议不能替代治理,坚持股东协议与公司章程、股东会决议的不同定位,处理好股东协议与公司章程、股东会决议之间的具体冲突。厘清公司权力的来源是规范股东协议治理的出发点和立足点,明确公司的权力来源于股东对公司资源的占有或控制,既能为以股东会为中心的公司模式提供有力支撑,也是对质疑股东协议效力的观点的有力回应。股东协议顺应了世界公司法去管制化浪潮。即将面临新一轮修订的《公司法》应承认股东协议在有限责任公司中的组织法效力,注重保护股东核心权利,加强股东协议的公示性与第三人保护。文章共分为三部分。第一部分讨论了股东协议治理的基础理论。首先,明确了股东协议的概念和法律性质;其次,介绍了股东协议的公司治理的背景;最后从公司实践入手对股东协议如何影响公司治理展开实证分析,为后续研究奠定基础。第二部分先是深入分析了股东协议的理论困境,理顺股东协议产生组织法效力的内在逻辑,并对部分观点进行扬弃。之后阐述了对治理现状成因的思考。最后从比较法视角入手,重点省察美国、英国、加拿大、德国的股东协议制度,并总结各法域股东协议制度变革的优劣得失。第三部分探讨了股东协议治理的规范路径。首先,从多学科角度论证公司权力来源于股东这一论点,并由此对质疑股东协议效力的观点的作出回应;其次,厘清了股东协议与公司章程、股东会决议之间的关系;最后基于上述认识,提出构建我国股东协议制度的框架性设想。